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- PDB-4fk9: High Resolution Structure of the Catalytic Domain of Mannanase SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fk9
タイトルHigh Resolution Structure of the Catalytic Domain of Mannanase SActE_2347 from Streptomyces sp. SirexAA-E
要素Cellulose-binding family II
キーワードHYDROLASE / GH5 TIM Barrel / glycoside hydrolase / beta-mannanase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / polysaccharide binding / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Takasuka, T.E. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Biochemical properties and atomic resolution structure of a proteolytically processed beta-mannanase from cellulolytic Streptomyces sp. SirexAA-E.
著者: Takasuka, T.E. / Acheson, J.F. / Bianchetti, C.M. / Prom, B.M. / Bergeman, L.F. / Book, A.J. / Currie, C.R. / Fox, B.G.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose-binding family II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4708
ポリマ－36,2781
非ポリマー1927
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cellulose-binding family II
ヘテロ分子

A: Cellulose-binding family II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,94016
ポリマ－72,5552
非ポリマー38514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.805, 102.360, 45.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

21A-795-

HOH

31A-907-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cellulose-binding family II


分子量: 36277.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
遺伝子: 2347, SACTE_2347 / プラスミド: pVP67K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: G2NHM6
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月18日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→50 Å / Num. all: 130049 / Num. obs: 130004 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.191 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.06-1.082.80.31562740.799195.3
1.08-1.130.25363940.828197.8
1.1-1.123.40.22164400.905197.9
1.12-1.143.50.18364770.956197.8
1.14-1.173.50.16164440.992197.9
1.17-1.193.50.14564530.992197.8
1.19-1.223.50.13564391.07197.8
1.22-1.263.60.12664591.156198
1.26-1.293.60.11864801.311198
1.29-1.343.60.11665241.488198.3
1.34-1.383.60.10564871.382198.5
1.38-1.443.60.09465371.428198.8
1.44-1.53.70.08265641.458199.1
1.5-1.583.70.08166101.425199.2
1.58-1.683.70.07866131.391199.2
1.68-1.813.70.08366281.241199.2
1.81-1.993.70.06466051.249198.8
1.99-2.283.70.05466251.225198.1
2.28-2.883.80.0565941.173197.1
2.88-503.60.04864021.039190.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.81 Å36.76 Å
Translation5.81 Å36.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1061精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.06→36.765 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9477 / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 10.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1315 2000 1.54 %
Rwork0.1185 --
all0.1187 130049 -
obs0.1187 130004 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.33 Å2 / Biso mean: 12.6539 Å2 / Biso min: 4.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→36.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2408 0 7 507 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2323464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.86870
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.0598-1.08630.17531380.1588821895995
1.0863-1.11570.14661410.12449027916898
1.1157-1.14850.13441410.10759061920298
1.1485-1.18560.15271420.10339101924398
1.1856-1.22790.12991430.10369086922998
1.2279-1.27710.12911420.10349078922098
1.2771-1.33520.10881430.1019171931498
1.3352-1.40560.11471420.09849139928199
1.4056-1.49370.11281450.09439238938399
1.4937-1.6090.10261450.09939287943299
1.609-1.7710.11741450.10879288943399
1.771-2.02720.14581460.11459336948299
2.0272-2.5540.12541450.12099296944198
2.554-36.78680.14361420.14289075921792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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