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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fjg | ||||||
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タイトル | RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dC | ||||||
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![]() | Transferase/DNA / dATP/dC / RB69 / RB69pol / quadruple / Transferase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xia, S. / Wang, J. / Konigsberg, W.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase. 著者: Xia, S. / Wang, J. / Konigsberg, W.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 416.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 333.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4fj5C ![]() 4fj7C ![]() 4fj8C ![]() 4fj9C ![]() 4fjhC ![]() 4fjiC ![]() 4fjjC ![]() 4fjkC ![]() 4fjlC ![]() 4fjmC ![]() 4fjnC ![]() 4fjxC ![]() 4fk0C ![]() 4fk2C ![]() 4fk4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 104448.867 Da / 分子数: 1 / 変異: D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: 43 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 5213.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 390分子 ![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-DTP / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 72855 / Num. obs: 68757 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.08 Å / % possible all: 94.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.887 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→38.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.075 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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