PDB-4fiu: The structure of hemagglutinin of H16 subtype influenza virus wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fiu

タイトル

The structure of hemagglutinin of H16 subtype influenza virus with V327G mutation

要素

hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / membrane glycoprotein / receptor binding / virus fusion / hemagglutinin

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Lu, X. / Shi, Y. / Gao, F. / Xiao, H. / Wang, M. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Insights into Avian Influenza Virus Pathogenicity: the Hemagglutinin Precursor HA0 of Subtype H16 Has an Alpha-Helix Structure in Its Cleavage Site with Inefficient HA1/HA2 Cleavage.
著者: Lu, X. / Shi, Y. / Gao, F. / Xiao, H. / Wang, M. / Qi, J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2012年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fiu.cif.gz	624.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fiu.ent.gz	511.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4fiu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fiu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4fiu_validation.xml.gz	81.9 KB	表示
CIF形式データ	4fiu_validation.cif.gz	115.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fiu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4f23C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f23-d 4i78-2 4h32-2 1hgg-d 1hge-d 3ubn-1 6pd6-1 4hmg-d 4uo1-d 4uo2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: hemagglutinin

B: hemagglutinin

C: hemagglutinin

ヘテロ分子

176 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.070, 240.783, 69.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

hemagglutinin

分子量: 57963.781 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 19-517 / 変異: V326G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5DL24

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

RESIDUES 1-5 (ADGIQ) AND RESIDUES 505-509 (RLVPR) WERE OBTAINED FROM THE VECTOR.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Imidazole, 20% (v/v) Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 132280 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.999→42.498 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2282	6656	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1932	-	-	-
all	0.1949	132070	-	-
obs	0.1949	132070	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.415 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.1039 Å²	-0 Å²	-2.3858 Å²
2-	-	-9.8312 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.7273 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→42.498 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12048	0	126	1568	13742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	16851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.818	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2199

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9994-2.0221	0.2811	232	0.2097	4132	99
2.0221-2.0459	0.2519	227	0.1941	4205	100
2.0459-2.0709	0.2379	201	0.19	4171	100
2.0709-2.0971	0.2594	207	0.1952	4198	100
2.0971-2.1247	0.241	244	0.1894	4138	100
2.1247-2.1538	0.2327	206	0.187	4236	100
2.1538-2.1845	0.2401	225	0.1882	4173	100
2.1845-2.2171	0.2692	212	0.1947	4150	100
2.2171-2.2518	0.2517	248	0.196	4178	100
2.2518-2.2887	0.2815	231	0.1967	4132	100
2.2887-2.3282	0.2493	224	0.192	4224	100
2.3282-2.3705	0.2328	202	0.1917	4171	100
2.3705-2.4161	0.2539	227	0.1938	4198	100
2.4161-2.4654	0.2334	206	0.1965	4231	100
2.4654-2.519	0.2393	242	0.1947	4111	100
2.519-2.5776	0.2274	220	0.1973	4250	100
2.5776-2.642	0.2259	222	0.1912	4124	100
2.642-2.7135	0.2441	203	0.1909	4184	100
2.7135-2.7933	0.2359	224	0.1965	4229	100
2.7933-2.8834	0.2337	221	0.1913	4199	100
2.8834-2.9865	0.2281	221	0.1963	4151	100
2.9865-3.106	0.2442	207	0.1952	4191	100
3.106-3.2473	0.2292	220	0.1893	4179	100
3.2473-3.4185	0.2194	230	0.186	4171	100
3.4185-3.6325	0.205	250	0.182	4195	100
3.6325-3.9128	0.2064	221	0.1735	4164	100
3.9128-4.3062	0.204	199	0.1767	4212	99
4.3062-4.9286	0.1704	230	0.1801	4139	99
4.9286-6.2064	0.2295	232	0.2223	4168	99
6.2064-42.5071	0.2313	222	0.2308	4210	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.025	0.0196	-0.0107	0.0643	-0.0254	-0.0055	0.0175	-0.0624	0.0062	0.0012	0.0262	0.1264	0.0298	-0.0558	0	0.1782	-0.001	0.0169	0.1361	0.0222	0.1919	-12.793	-60.8683	33.7773
2	0.0633	-0.0213	-0.0889	0.0569	-0.0008	0.1135	-0.0085	-0.0471	-0.0361	0.2117	-0.0111	0.1144	0.0941	0.0168	-0.0084	0.1522	-0.0078	0.036	0.1156	0.0083	0.104	-8.5206	-9.6316	43.8173
3	0.2685	-0.1567	0.1199	0.2657	-0.2044	0.2098	0.0152	-0.0819	-0.0355	0.1032	-0.0041	-0.0371	0.0294	-0.0158	0.0009	0.0915	-0.0021	0.0045	0.1234	-0.0004	0.0719	-4.8574	11.2411	41.2367
4	0.1184	0.1896	-0.0314	0.3208	-0.0866	0.1571	0.0561	-0.002	0.0609	-0.0187	-0.0599	-0.0547	0.0087	0.0204	-0.0045	0.0386	0.0097	-0.0009	0.0939	-0.0031	0.0529	0.8674	15.0726	32.7516
5	-0.0414	0.0458	-0.0451	0.1804	-0.0409	0.1896	-0.0313	-0.0487	-0.0335	0.0839	-0.0067	-0.0231	0.0986	0.0358	-0.0379	0.1056	0.007	0.0136	0.1126	0.0109	0.0963	-5.287	-8.3187	41.2388
6	0.0054	-0.0262	-0.0148	0.0608	-0.0364	0.0213	0.0166	0.007	0.0056	0.1667	-0.0367	0.113	0.0172	0.0057	0	0.149	-0.0003	0.022	0.0878	0.0031	0.1134	-10.0273	-42.088	32.5557
7	0.0105	0.0758	0.0393	0.1733	0.082	0.1185	-0.0329	-0.0009	0.0065	0.3948	0.0429	0.0446	-0.0499	-0.0205	-0.0068	0.1533	0.0132	0.0349	0.0956	0.0125	0.103	-3.7605	-48.914	38.2865
8	-0.0196	0.0552	0.0823	0.1375	-0.0932	-0.1007	-0.0038	-0.0006	-0.0155	0.0368	0.0302	0.0186	-0.0181	-0.018	-0.0045	0.1183	0.0164	0.0139	0.1138	0.0067	0.1068	-2.9954	-57.0211	30.0883
9	0.0416	-0.0481	-0.0732	0.053	0.0842	0.1304	0.0247	0.0998	-0.0764	-0.0607	0.0533	-0.0843	-0.008	-0.0501	-0	0.1352	0.0116	0.028	0.1507	0.0194	0.1889	-4.279	-92.3752	30.4239
10	0.0472	-0.0286	0.012	0.0187	-0.0023	0.0061	-0.0467	0.0011	-0.0011	0.1433	0.0444	-0.2135	0.0549	-0.0023	-0.0001	0.1733	0.0261	-0.0177	0.1091	-0.0042	0.2161	18.2176	-63.9292	26.6759
11	0.0451	0.2348	-0.0965	0.2204	-0.1239	-0.0275	-0.0077	-0.0211	-0.0414	-0.0082	-0.0052	-0.1436	0.0372	-0.0102	-0.0023	0.0942	0.0064	-0.0004	0.1059	0.0066	0.1355	22.5973	-9.9512	16.95
12	0.3328	-0.0922	-0.0709	0.1288	0.1828	0.246	-0.0706	-0.0067	-0	-0.0991	0.115	-0.1021	-0.0029	0.0722	0.0076	0.0555	-0.0079	0.0041	0.0934	0.0103	0.0757	22.6405	14.5758	7.7802
13	0.4262	-0.0402	0.1534	0.1115	-0.2042	0.6566	-0.0824	0.096	0.098	-0.1309	-0.1513	-0.0969	0.1077	0.0554	-0.6053	-0.1114	-0.0182	-0.0892	0.0738	-0.0069	-0.1321	13.8123	14.9916	8.4586
14	0.1917	0.0318	0.0086	0.0354	-0.0275	0.0216	-0.0535	0.0265	0.0505	-0.036	0.0117	0.0746	-0.0018	-0.0017	-0.0141	0.0571	0.0022	-0.016	0.1007	0.0004	0.0693	9.2531	14.4704	11.6387
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30	-0.0391	0.032	-0.0372	0.1538	0.0567	-0.0951	-0.0168	0.0255	-0.0007	0.0823	0.0312	-0.0358	0.0048	0.0174	0.0004	0.1083	-0.0044	-0.0125	0.0824	0.004	0.0801	-5.6316	-57.5717	12.9373
31	0.0569	-0.0475	0.0839	0.0327	-0.0715	0.1219	-0.1409	0.04	-0.1423	0.0338	0.0565	-0.0021	0.0825	-0.0273	-0	0.153	0.0002	0.0166	0.1287	-0.0045	0.1263	-3.7442	-93.1071	12.7238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:36)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 37:86)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 87:162)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 163:245)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 246:287)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 288:334)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 335:402)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 403:486)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 487:509)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 1:28)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 29:109)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 110:162)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 163:194)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 195:245)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 246:302)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 303:348)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESSEQ 349:402)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESSEQ 403:486)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND (RESSEQ 487:509)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESSEQ 1:36)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESSEQ 37:86)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND (RESSEQ 87:138)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN C AND (RESSEQ 139:162)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN C AND (RESSEQ 163:194)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN C AND (RESSEQ 195:245)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN C AND (RESSEQ 246:268)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN C AND (RESSEQ 269:322)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN C AND (RESSEQ 323:365)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN C AND (RESSEQ 366:402)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN C AND (RESSEQ 403:486)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN C AND (RESSEQ 487:509)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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