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- PDB-4fir: Crystal structure of pyridoxal biosynthesis lyase PdxS from Pyrococcus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fir
タイトルCrystal structure of pyridoxal biosynthesis lyase PdxS from Pyrococcus
要素Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
キーワードLYASE / Pyrococcus horikoshii / pdxS / pyridoxal biosynthesis lyase / pyridoxal 5 -phosphate (PLP)
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOSE-5-PHOSPHATE / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Matsuura, A. / Yoon, J.Y. / Yoon, H.J. / Lee, H.H. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of pyridoxal biosynthesis lyase PdxS from Pyrococcus horikoshii.
著者: Matsuura, A. / Yoon, J.Y. / Yoon, H.J. / Lee, H.H. / Suh, S.W.
履歴
登録2012年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
B: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
C: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
D: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
E: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
F: Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,77312
ポリマ－222,3926
非ポリマー1,3816
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20530 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area70710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.165, 179.065, 109.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 11:315 or resseq 321:333 )
211chain 'B' and (resseq 11:315 or resseq 321:333 )
311chain 'C' and (resseq 11:315 or resseq 321:333 )
411chain 'D' and (resseq 11:315 or resseq 321:333 )
511chain 'E' and (resseq 11:315 or resseq 321:333 )
611chain 'F' and (resseq 11:315 or resseq 321:333 )

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要素

#1: タンパク質
Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS


分子量: 37065.309 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: pdxS, PH1355 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O59080, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: 糖
ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 297 K / pH: 8
詳細: 100mM imidazole, 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 200mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月23日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 39532 / % possible obs: 98.5 % / Biso Wilson estimate: 57.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.23 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZNN

1znn


解像度: 3.1→29.84 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1983 5.02 %
Rwork0.185 --
obs0.187 39493 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.27 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.4589 Å20 Å27.469 Å2
2---19.2139 Å20 Å2
3---7.7549 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15119 0 78 72 15269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01315437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.63220814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8145820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1312382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092694
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.083
13C2408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.103
14D2408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.106
15E2408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.103
16F2408X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.17750.35331290.28032246X-RAY DIFFRACTION83
3.1775-3.26340.33341310.25752554X-RAY DIFFRACTION94
3.2634-3.35930.30091260.21472674X-RAY DIFFRACTION98
3.3593-3.46750.2661430.21732736X-RAY DIFFRACTION100
3.4675-3.59130.26041470.21032664X-RAY DIFFRACTION100
3.5913-3.73480.28531400.20492767X-RAY DIFFRACTION100
3.7348-3.90440.19921310.17592745X-RAY DIFFRACTION100
3.9044-4.10980.22351250.16432729X-RAY DIFFRACTION100
4.1098-4.36650.16671570.15292707X-RAY DIFFRACTION100
4.3665-4.70250.18271220.14622755X-RAY DIFFRACTION100
4.7025-5.17350.21161640.17362704X-RAY DIFFRACTION100
5.1735-5.9170.24881630.20922743X-RAY DIFFRACTION100
5.917-7.43570.21881640.19512711X-RAY DIFFRACTION100
7.4357-29.84550.17751410.15312775X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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