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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fip | ||||||
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タイトル | Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Domain-swapping / Deubiquitination / Transcription / Nucleosomes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Ub-specific processing proteases / mRNA export from nucleus / nuclear pore / enzyme activator activity / RNA splicing / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / regulation of protein localization / protein transport / chromatin organization / protein-containing complex assembly / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.686 Å | ||||||
データ登録者 | Samara, N.L. / Ringel, A.E. / Wolberger, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: A Role for Intersubunit Interactions in Maintaining SAGA Deubiquitinating Module Structure and Activity. 著者: Samara, N.L. / Ringel, A.E. / Wolberger, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fip.cif.gz | 537.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fip.ent.gz | 442.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fip.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fip | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is a domain swapped dimer of a tetrameric complex. |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF
#1: タンパク質 | 分子量: 54060.656 Da / 分子数: 2 / 変異: S144N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBP8, YM9959.05, YMR223W / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P50102, ubiquitinyl hydrolase 1 #2: タンパク質 | 分子量: 11094.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUS1, YBR111W-A / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q6WNK7 |
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-SAGA-associated factor ... , 2種, 4分子 CGDH
#3: タンパク質 | 分子量: 8295.177 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP Residues 1-72 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SGF11, YPL047W / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q03067 #4: タンパク質 | 分子量: 10824.273 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP Residues 1-96 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SGF73, YGL066W / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P53165 |
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-非ポリマー , 2種, 106分子
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14% PEG3350, 0.18-0.22 M Tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.686→50 Å / Num. all: 47615 / Num. obs: 43495 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 12.227 |
反射 シェル | 解像度: 2.686→2.74 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 2.345 / Rsym value: 0.637 / % possible all: 84.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3MHS 解像度: 2.686→47.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 26.775 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.38 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.481 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.686→47.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.686→2.756 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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