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- PDB-4fin: Crystal Structure of EttA (formerly YjjK) - an E. coli ABC-type ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fin
タイトルCrystal Structure of EttA (formerly YjjK) - an E. coli ABC-type ATPase
要素EttA (YjjK) ABCF family protein
キーワードATP-BINDING PROTEIN / ABC protein / ABCF / mechanoenzyme / Gating of ribosomal elongation / Ribosome / Cytosol/Ribosome / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / PSI-Biology / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ribosome binding / tRNA binding / rRNA binding / translation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Energy-dependent translational throttle protein EttA / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Energy-dependent translational throttle protein EttA / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Energy-dependent translational throttle protein EttA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Smith, P. / Yuan, Y. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014
タイトル: The ABC-F protein EttA gates ribosome entry into the translation elongation cycle.
著者: Grégory Boël / Paul C Smith / Wei Ning / Michael T Englander / Bo Chen / Yaser Hashem / Anthony J Testa / Jeffrey J Fischer / Hans-Joachim Wieden / Joachim Frank / Ruben L Gonzalez / John F Hunt /
要旨: ABC-F proteins have evaded functional characterization even though they compose one of the most widely distributed branches of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. Herein, we demonstrate that ...ABC-F proteins have evaded functional characterization even though they compose one of the most widely distributed branches of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. Herein, we demonstrate that YjjK, the most prevalent eubacterial ABC-F protein, gates ribosome entry into the translation elongation cycle through a nucleotide-dependent interaction sensitive to ATP/ADP ratio. Accordingly, we rename this protein energy-dependent translational throttle A (EttA). We determined the crystal structure of Escherichia coli EttA and used it to design mutants for biochemical studies including enzymological assays of the initial steps of protein synthesis. These studies suggest that EttA may regulate protein synthesis in energy-depleted cells, which have a low ATP/ADP ratio. Consistently with this inference, EttA-deleted cells exhibit a severe fitness defect in long-term stationary phase. These studies demonstrate that an ABC-F protein regulates protein synthesis via a new mechanism sensitive to cellular energy status.
履歴
登録2012年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Structure summary
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 1.32014年3月5日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EttA (YjjK) ABCF family protein
B: EttA (YjjK) ABCF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,22324
ポリマ－125,9952
非ポリマー2,22822
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12480 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area48340 Å2
手法PISA
2
A: EttA (YjjK) ABCF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,18912
ポリマ－62,9981
非ポリマー1,19111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: EttA (YjjK) ABCF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,03512
ポリマ－62,9981
非ポリマー1,03711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.363, 233.474, 54.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Protein exists in monomer/dimer equilibrium as seen in hydrodynamic studies. Crystal structure here represents the dimer formation. Cryo-EM reconstruction (see accompanying publications) reveal the monomeric ribosomally assocaited form. Both dimer and monomer exhibit Rad50-like head/tail ABC cassette dimer interfaces.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EttA (YjjK) ABCF family protein


分子量: 62997.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cloned NdeI/XhoI to express wt full-length protein without any additional tags or amino acids
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b4391, JW4354, yjjK, YjjK / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P0A9W3

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非ポリマー , 5種, 418分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 200mM Li2SO4, 100mM NaCitrate pH 5.6, 10-20% Polyethylene Glycol (MW 8000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300KK

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: Brandeis-4K / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日 / 詳細: Si(111) Mono
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 41262 / Num. obs: 44036 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.4-2.443.22.040.577183.1
6.51-508.3440.056199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→49.067 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 2077 5.05 %
Rwork0.1833 --
obs0.1862 41106 94.03 %
all-41262 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.005 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1892 Å20 Å20.4195 Å2
2--2.8858 Å2-0 Å2
3----3.4889 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8384 0 132 396 8912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98411718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3873290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45590.31951220.24042328X-RAY DIFFRACTION84
2.4559-2.51730.27621170.2232391X-RAY DIFFRACTION87
2.5173-2.58530.2921130.21512381X-RAY DIFFRACTION85
2.5853-2.66140.2541330.20362425X-RAY DIFFRACTION88
2.6614-2.74730.24191260.20622408X-RAY DIFFRACTION88
2.7473-2.84550.29941350.20032510X-RAY DIFFRACTION90
2.8455-2.95940.27061360.20892505X-RAY DIFFRACTION93
2.9594-3.09410.26031320.19562701X-RAY DIFFRACTION98
3.0941-3.25710.26721760.1912779X-RAY DIFFRACTION100
3.2571-3.46120.23491420.17162755X-RAY DIFFRACTION100
3.4612-3.72830.20221340.16422775X-RAY DIFFRACTION100
3.7283-4.10330.22231650.1542762X-RAY DIFFRACTION100
4.1033-4.69670.2231510.15552740X-RAY DIFFRACTION100
4.6967-5.91570.23211500.18282778X-RAY DIFFRACTION100
5.9157-49.07690.22591450.18862791X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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