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- PDB-4fhz: Crystal structure of a carboxyl esterase at 2.0 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fhz
タイトルCrystal structure of a carboxyl esterase at 2.0 angstrom resolution
要素Phospholipase/Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / esterase (エステラーゼ) / alpha/beta hydrolase superfamily / central beta-stranded sheet / flanked alpha helices / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phospholipase/Carboxylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wu, L. / Ma, J. / Zhou, J. / Yu, H.
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2013
タイトル: Enhanced enantioselectivity of a carboxyl esterase from Rhodobacter sphaeroides by directed evolution.
著者: Ma, J. / Wu, L. / Guo, F. / Gu, J. / Tang, X. / Jiang, L. / Liu, J. / Zhou, J. / Yu, H.
履歴
登録2012年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase/Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1739
ポリマ－29,9061
非ポリマー2678
水1,62190
1
A: Phospholipase/Carboxylesterase
ヘテロ分子

A: Phospholipase/Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,34618
ポリマ－59,8122
非ポリマー53416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area1510 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.042, 72.042, 113.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase/Carboxylesterase


分子量: 29905.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cell
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: CGMCC1.1737 / 遺伝子: RSP_2728 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3J2V1, カルボキシルエステラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3M sodium chloride, citric acid,1% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 23303 / Num. obs: 23109 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 18.128
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible all
2-2.0791100
2.07-2.159.11100
2.15-2.259.11100
2.25-2.379.1199.8
2.37-2.5291100
2.52-2.718.81100
2.71-2.998.4199.8
2.99-3.427.5199.9
3.42-4.317199.4
4.31-506.9194.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→34.336 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 1191 5.15 %
Rwork0.1589 --
obs0.1616 23106 99.1 %
all-2750 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.309 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8644 Å20 Å20 Å2
2---0.8644 Å2-0 Å2
3---1.7288 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.36 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→34.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1611 0 14 90 1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.922420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.445668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.09010.25781270.17792353X-RAY DIFFRACTION98
2.0901-2.18520.20611270.1412437X-RAY DIFFRACTION100
2.1852-2.30030.20741390.12032383X-RAY DIFFRACTION100
2.3003-2.44440.19941560.14352427X-RAY DIFFRACTION100
2.4444-2.63310.23521290.15522427X-RAY DIFFRACTION100
2.6331-2.8980.25571380.17772438X-RAY DIFFRACTION100
2.898-3.3170.2611410.17862447X-RAY DIFFRACTION100
3.317-4.17790.19771180.15032505X-RAY DIFFRACTION100
4.1779-34.34070.18741160.16072498X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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