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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fhr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between the flagellar motor proteins FliG and FliM. | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / flagellar motor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.931 Å | ||||||
データ登録者 | Paz, A. / Vartanian, A.S. / Fortgang, E.A. / Abramson, J. / Dahlquist, F.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structure of flagellar motor proteins in complex allows for insights into motor structure and switching. 著者: Vartanian, A.S. / Paz, A. / Fortgang, E.A. / Abramson, J. / Dahlquist, F.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fhr.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fhr.ent.gz | 69.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fhr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fhr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2hp7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21490.619 Da / 分子数: 1 / 断片: Middle domain, UNP residues 46-230 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: FliM / プラスミド: pJY5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Rosetta / 参照: UniProt: Q9WZE6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24604.529 Da / 分子数: 1 / 断片: Middle and C-terminal domains. UNP residues 115-327 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: fliG / プラスミド: pJY5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Rosetta / 参照: UniProt: Q9WY63 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, and 25% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月31日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 41987 / Num. obs: 38741 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HP7 解像度: 1.931→48.537 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.931→48.537 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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