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- PDB-4fha: Structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Streptococcus pneu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fha
タイトルStructure of Dihydrodipicolinate Synthase from Streptococcus pneumoniae,bound to pyruvate and lysine
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / 8-fold alpha-/beta-barrel / L-aspartate-4-semialdehyde hydro-lyase
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / LYSINE / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Perugini, M.A. / Dogovski, C. / Parker, M.W. / Gorman, M.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure, Function, Stability and Knockout Phenotype of Dihydrodipicolinate Synthase from Streptococcus pneumoniae
著者: Perugini, M.A. / Dogovski, C. / Parker, M.W. / Gorman, M.A. / Dobson, R.C.J. / Jameson, G.B. / Ketaren, N.E. / Praszkier, J. / Bailey, M.F. / Bryant, G. / Yang, J. / Griffin, M.D.W. / Pearce, F.G. / Mitsakos, V.
履歴
登録2012年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3726
ポリマ－68,0312
非ポリマー3404
水5,909328
1
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,74412
ポリマ－136,0634
非ポリマー6818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area11270 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area41590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.381, 106.368, 106.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase


分子量: 34015.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: SP3-BS71 / 遺伝子: CGSSp3BS71_00085 / プラスミド: pET101/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5LD17, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M bis-tris propane, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (w/v) 1,4-dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95371 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95371 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.438
11-H, L, K20.562
反射解像度: 1.88→75.18 Å / Num. all: 55338 / Num. obs: 55338 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.88-1.988.60.342.25980169870.3486.7
1.98-2.114.40.2343.211104077050.23499.9
2.1-2.2514.90.1684.410792972660.168100
2.25-2.4314.80.1295.710053867790.129100
2.43-2.6614.80.0987.59250762610.098100
2.66-2.9714.60.0789.48246756660.078100
2.97-3.4314.30.063117208550510.063100
3.43-4.214.10.05512.86069242970.055100
4.2-5.94140.05113.34725833830.051100
5.94-47.55712.50.04215.12432519430.04298.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H5D

3h5d
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.88→39.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.1818 / WRfactor Rwork: 0.1589 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8367 / SU B: 3.351 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.0257 / SU Rfree: 0.0232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: AMPLITUDE BASED TWIN REFINEMENT USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1829 2754 5 %RANDOM
Rwork0.1587 ---
obs0.1599 55281 97.71 %-
all-56520 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.31 Å2 / Biso mean: 20.8595 Å2 / Biso min: 12.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.92 Å20 Å20 Å2
2---9.92 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4728 0 22 328 5078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.024871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9971.9766622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6525208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79715782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213706
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.927 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 145 -
Rwork0.193 2970 -
all-3115 -
obs--75.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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