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- PDB-4fh3: Crystal structures of the Cid1 poly (U) polymerase reveal the mec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fh3
タイトルCrystal structures of the Cid1 poly (U) polymerase reveal the mechanism for UTP selectivity
要素Poly(A) RNA polymerase protein cid1
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyltransferase / poly(U) polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / : / magnesium ion binding / RNA binding ...polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / : / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Poly(a)-polymerase, middle domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich ...Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Poly(a)-polymerase, middle domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminal uridylyltransferase cid1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lunde, B.M. / Magler, I. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the Cid1 poly (U) polymerase reveal the mechanism for UTP selectivity.
著者: Lunde, B.M. / Magler, I. / Meinhart, A.
履歴
登録2012年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) RNA polymerase protein cid1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9571
ポリマ－39,9571
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.870, 62.570, 111.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) RNA polymerase protein cid1 / Caffeine-induced death protein 1


分子量: 39956.754 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-377 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: cid1, SPAC19D5.03 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)RIL
参照: UniProt: O13833, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 100 mM CHES, pH 9.5, 5-10% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月23日
放射モノクロメーター: double crystal sagitally focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.553 Å / Num. all: 26101 / Num. obs: 25923 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q0C

2q0c


解像度: 2→41.553 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.579 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 1274 4.9 %RANDOM
Rwork0.19491 ---
obs0.19699 24647 100 %-
all-26101 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.828 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2622 0 0 166 2788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0811.9773654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4845329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76823.04125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9215488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2961520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5771.51622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13222624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81231083
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1344.51026
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 91 -
Rwork0.287 1740 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.2561 Å / Origin y: 2.5394 Å / Origin z: -10.7274 Å
111213212223313233
T0.0189 Å20.005 Å2-0.0155 Å2-0.0254 Å2-0.0064 Å2--0.0161 Å2
L0.9967 °20.3678 °2-0.4657 °2-0.7026 °2-0.2211 °2--1.0568 °2
S-0.012 Å °0.0139 Å °-0.0432 Å °0.0181 Å °-0.0408 Å °-0.0193 Å °-0.035 Å °-0.05 Å °0.0528 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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