PDB-4fgo: Legionella pneumophila LapG (calcium-bound)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fgo

タイトル

Legionella pneumophila LapG (calcium-bound)

要素

Periplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / DUF920 / protease / calcium binding

機能・相同性

Transglutaminase-like cysteine peptidase, predicted / Bacterial transglutaminase-like cysteine proteinase BTLCP / C8orf32 fold - #30 / C8orf32 fold / Roll / metal ion binding / Alpha Beta / Periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Chatterjee, D. / Boyd, C.D. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of a conserved, calcium-dependent periplasmic protease from Legionella pneumophila.
著者: Chatterjee, D. / Boyd, C.D. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.

履歴

登録	2012年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fgo.cif.gz	84.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fgo.ent.gz	69.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fgo_validation.pdf.gz	425.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fgo_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	4fgo_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4fgo_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fgpC 4fgqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rf7-d 4y1q-3 4jet-6 3qp1-d 4jet-5 2hji-d 4y1q-7 4y1q-1 3ldy-d 2w3b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic protein

ヘテロ分子

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.951, 59.951, 110.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Periplasmic protein 分子量: 21778.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg0828 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZXA4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.14 M Ammonium Tartrate dibasic, 20% PEG3350, 2 mM calcium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9771 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月4日
放射	モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9771 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 16508 / Num. obs: 16128 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 81.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.903→33.619 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.88 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2667	1549	9.96 %	random
R_work	0.2592	-	-	-
all	0.2599	16128	-	-
obs	0.2599	15545	94.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.846 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.8461 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.8461 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.6921 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→33.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1439	0	1	34	1474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.111	1992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.584	546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.903-1.9644	0.4736	98	0.3923	898	X-RAY DIFFRACTION	68
1.9644-2.0346	0.4318	124	0.3451	1138	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0346-2.1161	0.3274	139	0.3268	1260	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1161-2.2124	0.3225	143	0.3028	1279	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2124-2.329	0.352	143	0.293	1281	X-RAY DIFFRACTION	97
2.329-2.4749	0.3123	141	0.3028	1293	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4749-2.6659	0.3436	148	0.3013	1323	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6659-2.934	0.3122	146	0.3031	1321	X-RAY DIFFRACTION	99
2.934-3.3582	0.2926	151	0.2675	1350	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3582-4.2297	0.2452	153	0.2299	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2297-33.6241	0.1958	163	0.2177	1473	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6556	0.6222	0.1908	2.325	2.125	1.9852	-1.0034	-1.3796	1.4708	0.8425	0.7128	0.9506	-4.1949	-1.6482	-0.3581	1.8856	0.3605	0.1448	1.1464	-0.1951	0.684	-22.9848	14.716	20.2945
2	1.352	-0.01	0.8775	0.9427	-0.9846	5.032	-0.2493	-0.1808	0.3139	0.1887	0.426	0.8875	-1.7248	-2.0086	-0.3636	0.6041	0.5235	0.2339	1.0409	0.1252	0.2917	-25.7055	0.7828	21.2716
3	6.7091	0.0728	2.1144	5.6692	-1.3944	2.2833	-0.0487	0.5969	-0.1964	-0.0944	0.304	0.7908	-0.5062	-1.4365	-0.4507	0.6407	0.0781	0.0683	0.6579	0.1347	0.359	-24.6902	-2.2453	1.6865
4	2.1912	0.3306	-1.0689	2.4812	-0.9267	6.5838	-0.1442	-0.0594	-0.263	-0.0384	0.3788	0.043	-0.4282	-0.7445	-0.0426	0.0971	0.0172	0.0337	0.3528	0.0712	0.1908	-17.363	-8.7291	13.0767
5	2.0477	0.5925	3.7029	6.8684	8.3071	1.9993	0.7334	0.0655	-0.996	0.6726	0.3183	-1.0221	0.8351	0.6391	-0.8905	0.0794	-0.1629	-0.08	0.5015	0.0096	0.4221	-5.5644	-13.6216	6.3885
6	8.1209	-5.8614	5.1465	8.0565	-2.8918	7.4143	-0.0745	0.0719	0.3369	0.5068	0.3339	-0.585	-0.9179	1.0429	0.0057	0.4444	-0.1079	-0.0395	0.4044	-0.0238	0.403	-7.1339	-2.8237	5.444
7	6.6001	-5.9681	0.4991	5.4629	0.0426	4.0473	-1.3009	-0.8542	0.4672	2.0762	1.4665	-0.0637	-1.8938	0.5536	-0.0729	1.5136	0.0216	-0.0752	0.5517	0.0426	0.5858	-15.1103	9.2632	7.4703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 59:71)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 72:114)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 115:125)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 126:215)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 216:220)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 221:239)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 240:244)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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