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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fgc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Active Site Mutant C55A of Nitrile Reductase QueF, Bound to Substrate PreQ0 | ||||||
要素 | NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / beta barrel / pterin binding fold / tunnel fold / tRNA modification enzyme / 7-cyano-7-deazaguanine (PreQ0) binding / NADPH binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.498 Å | ||||||
データ登録者 | Stec, B. / Swairjo, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural basis of biological nitrile reduction. 著者: Chikwana, V.M. / Stec, B. / Lee, B.W. / de Crecy-Lagard, V. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fgc.cif.gz | 167.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fgc.ent.gz | 132.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fgc_validation.pdf.gz | 737.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4fgc_full_validation.pdf.gz | 763.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fgc_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fgc_validation.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19364.891 Da / 分子数: 5 / 変異: C55A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: BSU13750, queF, ykvM / プラスミド: pET-30Xa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31678, preQ1 synthase #2: 化合物 | ChemComp-PQ0 / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-PE4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: 16-20% PEG500 MME, 60 mM imidazole, 40 mM imidazolium chloride, pH 7.4, 30 mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.000003 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal, asymmetric cut 12.2 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.498→22.151 Å / Num. all: 34498 / Num. obs: 31577 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.498→2.54 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1498 / % possible all: 88.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 4F8B 解像度: 2.498→22.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 14.033 / SU ML: 0.304 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.711 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.309 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.498→22.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.498→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
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