[日本語] English
万見
- PDB-4ffj: The crystal structure of spDHBPs from S.pneumoniae -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ffj
タイトルThe crystal structure of spDHBPs from S.pneumoniae
要素Riboflavin biosynthesis protein ribBA
キーワードLYASE / Barrel structure
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase II / GTP cyclohydrolase II activity / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Riboflavin biosynthesis protein RibBA / GTP cyclohydrolase II, RibA / GTP cyclohydrolase II / GTP cyclohydrolase II superfamily / GTP cyclohydrolase II / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / DHBP synthase ...Riboflavin biosynthesis protein RibBA / GTP cyclohydrolase II, RibA / GTP cyclohydrolase II / GTP cyclohydrolase II superfamily / GTP cyclohydrolase II / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / DHBP synthase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Riboflavin biosynthesis protein RibBA / Riboflavin biosynthesis protein RibBA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wang, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of SpDHBPs from S. pneumoniae
著者: Wang, D.
履歴
登録2012年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Riboflavin biosynthesis protein ribBA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3989
ポリマ－23,6491
非ポリマー7498
水2,180121
1
A: Riboflavin biosynthesis protein ribBA
ヘテロ分子

A: Riboflavin biosynthesis protein ribBA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,79618
ポリマ－47,2982
非ポリマー1,49716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
2
A: Riboflavin biosynthesis protein ribBA
ヘテロ分子

A: Riboflavin biosynthesis protein ribBA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,79618
ポリマ－47,2982
非ポリマー1,49716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4080 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.008, 78.008, 87.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

21A-494-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Riboflavin biosynthesis protein ribBA


分子量: 23649.227 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ribAB, ribBA, SP_0176 / 参照: UniProt: Q97SY7, UniProt: A0A0H2UN41*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.02
詳細: 2M NH4)2SO4,pH7.02 BisTris 0.1M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 181062 / Num. obs: 20622 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.4-2.638.80.17623540.167192
2.63-2.949.10.09921650.093192.6
2.94-3.399.40.05519380.052193.2
3.39-4.169.40.04216700.039194.1
4.16-5.889.30.02813130.027194.1
5.88-508.90.0237390.022189.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MERLOT位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→38.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.321 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24367 870 5.1 %RANDOM
Rwork0.18679 ---
all0.24814 181062 --
obs0.18947 20622 84.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0 Å2
2---0.1 Å2-0 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 0 45 121 1630
LS精密化 シェル解像度: 1.951→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 24 -
Rwork0.414 288 -
obs--21.88 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る