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- PDB-4ffa: Sulfatase from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ffa
タイトルSulfatase from Mycobacterium tuberculosis
要素Rv3406 alkyl sulfatase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alkyl sulfatase / jelly roll / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


alkyl sulfatase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / dioxygenase activity / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase / Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sogi, K.M. / Gartner, Z.J. / Breidenbach, M.A. / Bertozzi, C.R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Rv3406 Is a Type II Alkyl Sulfatase Capable of Sulfate Scavenging.
著者: Sogi, K.M. / Gartner, Z.J. / Breidenbach, M.A. / Appel, M.J. / Schelle, M.W. / Bertozzi, C.R.
履歴
登録2012年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rv3406 alkyl sulfatase
B: Rv3406 alkyl sulfatase
C: Rv3406 alkyl sulfatase
D: Rv3406 alkyl sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6675
ポリマ－131,6054
非ポリマー621
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.752, 128.472, 139.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Rv3406 alkyl sulfatase


分子量: 32901.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT3514, MTCY78.22c, Rv3406 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P65075, UniProt: P9WKZ1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22% w/v PEG2000, 300 mM magnesium nitrate, 100 mM Tris, pH 8.0, 2% MPD, 2-3 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0793478 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0793478 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 41003 / Num. obs: 40338 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Rsym value: 4.2 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OIH

1oih


解像度: 2.5→45.603 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 34.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2724 2025 5.02 %RANDOM
Rwork0.2168 ---
obs0.2197 40338 --
all-41003 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.606 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-50.5297 Å2-0 Å2-0 Å2
2---24.4986 Å20 Å2
3----26.031 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7429 0 4 57 7490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05710363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6082697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58940.35271740.25733800X-RAY DIFFRACTION99
2.5894-2.6930.31552280.24913772X-RAY DIFFRACTION99
2.693-2.81560.33641990.23213806X-RAY DIFFRACTION99
2.8156-2.9640.34511910.24483800X-RAY DIFFRACTION99
2.964-3.14970.30342100.22423818X-RAY DIFFRACTION99
3.1497-3.39280.30662020.23253844X-RAY DIFFRACTION99
3.3928-3.73410.28562000.21493804X-RAY DIFFRACTION98
3.7341-4.2740.2512240.23806X-RAY DIFFRACTION98
4.274-5.38350.22332070.18283857X-RAY DIFFRACTION98
5.3835-45.61060.25091900.22534006X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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