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- PDB-4fet: Catalytic domain of germination-specific lytic tansglycosylase Sl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fet
タイトルCatalytic domain of germination-specific lytic tansglycosylase SleB from Bacillus anthracis
要素Spore cortex-lytic enzyme prepeptide
キーワードHYDROLASE / transglycosylase / cortex hydrolase domain / Sodium Ion / SeMet / cortex
機能・相同性
機能・相同性情報


spore germination / sporulation resulting in formation of a cellular spore / cell wall organization / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Cell wall hydrolase SleB, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #60 / Cell wall hydrolase, SleB / Spore cortex-lytic enzyme SleB / Cell wall hydrolase SleB, domain 1 / Cell Wall Hydrolase / Alpha-Beta Plaits / PGBD superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain ...Cell wall hydrolase SleB, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #60 / Cell wall hydrolase, SleB / Spore cortex-lytic enzyme SleB / Cell wall hydrolase SleB, domain 1 / Cell Wall Hydrolase / Alpha-Beta Plaits / PGBD superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Other non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spore cortex-lytic enzyme / Spore cortex-lytic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.909 Å
データ登録者Jing, X. / Heffron, J. / Popham, D.L. / Schubot, F.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: The catalytic domain of the germination-specific lytic transglycosylase SleB from Bacillus anthracis displays a unique active site topology.
著者: Jing, X. / Robinson, H.R. / Heffron, J.D. / Popham, D.L. / Schubot, F.D.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spore cortex-lytic enzyme prepeptide
A: Spore cortex-lytic enzyme prepeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7884
ポリマ－48,7422
非ポリマー462
水4,468248
1
B: Spore cortex-lytic enzyme prepeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3942
ポリマ－24,3711
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Spore cortex-lytic enzyme prepeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3942
ポリマ－24,3711
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.850, 64.450, 84.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLYSLYSBA131 - 253100 - 222
21VALVALLYSLYSAB132 - 253101 - 222
12NANANANABC301
22NANANANAAD301

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999994, 0.000209, -0.003374), (0.000226, -0.999987, 0.005006), (-0.003373, -0.005007, -0.999982)27.00371, -8.23305, 41.59853

-
要素

#1: タンパク質 Spore cortex-lytic enzyme prepeptide


分子量: 24370.908 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 125-253) / 変異: L143M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: sleB, BA_2748, BAS2562, GBAA_2748 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81PQ3, UniProt: A0A6L8PLE1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.76 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1:1 mixture of 2.5 mg/mL protein and a crystallization solution composed of 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.8) and 15% w/v polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.9792
シンクロトロンNSLS X29A20.9611, 0.9794
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2011年11月21日
ADSC QUANTUM 3152CCD2011年12月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.96111
30.97941
反射解像度: 1.909→32.22 Å / Num. obs: 23345 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.909→2 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4精密化
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
CCP4データ削減
CCP4データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.909→32.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.252 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24867 1211 5.2 %RANDOM
Rwork0.20269 ---
obs0.20511 22134 99.85 %-
all-22136 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.909→32.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 2 248 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.9392657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8925243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.29824.58885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15515283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.441158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-ID数Rms dev position (Å)
19442.04
210.28
LS精密化 シェル解像度: 1.909→1.958 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 72 -
Rwork0.219 1486 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6266-0.1343-0.070.96340.45390.21450.00860.0054-0.01190.0149-0.0051-0.00720.00380.0004-0.00350.04160.0043-0.00460.0360.00020.00183.74731.04325.4017
20.88130.41290.10090.98860.43550.24260.01240.0286-0.01960.0017-0.01350.0588-0.00490.01240.0010.023-0.00250.00430.029-0.00410.0408-23.1498-9.114716.4697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B131 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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