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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fem | |||||||||
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タイトル | Structure of SusE with alpha-cyclodextrin | |||||||||
![]() | Outer membrane protein SusE | |||||||||
![]() | Carbohydrate-binding protein / starch binding / extracellular / outermembrane | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Koropatkin, N.M. / Cameron, E.A. / Martens, E.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Multidomain Carbohydrate-binding Proteins Involved in Bacteroides thetaiotaomicron Starch Metabolism. 著者: Cameron, E.A. / Maynard, M.A. / Smith, C.J. / Smith, T.J. / Koropatkin, N.M. / Martens, E.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1014.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1019 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39549.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3700, susE / プラスミド: pET-28tev / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 多糖 | Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / alpha-cyclodextrin | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16-20% PEG 6000, 2M NaCl, 100mM malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97941 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 17403 / Num. obs: 17403 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 35.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 715 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 80.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Semet SusE 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.886 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.559 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
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