PDB-4fei: Hsp17.7 from Deinococcus radiodurans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fei

タイトル

Hsp17.7 from Deinococcus radiodurans

要素

Heat shock protein-related protein

キーワード

CHAPERONE / stress response / alpha-crystallin domain fold / aggregates / cytosol

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Heat shock protein-related protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bepperling, A. / Alte, F. / Kriehuber, T. / Braun, N. / Weinkauf, S. / Groll, M. / Haslbeck, M. / Buchner, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Alternative bacterial two-component small heat shock protein systems.
著者: Bepperling, A. / Alte, F. / Kriehuber, T. / Braun, N. / Weinkauf, S. / Groll, M. / Haslbeck, M. / Buchner, J.

履歴

登録	2012年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fei.cif.gz	54 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fei.ent.gz	39.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fei_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fei_full_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示
XML形式データ	4fei_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	4fei_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4fei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4fei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3glaS 1gme 1shs 2wj7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1t6v-1 1t6v-2 2f23-1 1wf5-d 2mhq-d 5n5p-2 2etn-1 5i29-d 2etn-3 4axj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (4) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock protein-related protein

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein-related protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.292, 51.292, 80.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-221- HOH

#1: タンパク質	Heat shock protein-related protein 分子量: 10736.011 Da / 分子数: 1 / 断片: Alpha crystallin domain, UNP RESIDUES 46-147 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_1691 / プラスミド: 6xHis-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RTR5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Heat shock protein-related protein

分子量: 10736.011 Da / 分子数: 1 / 断片: Alpha crystallin domain, UNP RESIDUES 46-147 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: DR_1691 / プラスミド: 6xHis-SUMO / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RTR5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射	モノクロメーター: HELIOS multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 5124 / Num. obs: 5119 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PROTEUM PLUS	PLUS	データ削減
PROTEUM PLUS	PLUS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3GLA

3gla

解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 16.654 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25343	230	4.6 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.1996	4778	98.72 %	-
all	-	4778	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	-0.49 Å²	0 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	757	0	0	79	836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.985	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.21	5	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.515	22.188	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.877	15	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.292	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.022	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.986	1.5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.794	2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.477	3	269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.937	4.5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.174	3	774

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	12	-
R_work	0.229	341	-
obs	-	-	99.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5243	2.7991	1.7929	3.71	-2.3055	6.6083	0.0319	0.1782	-0.4503	-0.3674	-0.0366	-0.3943	0.6721	0.337	0.0047	0.2667	0.0121	0.017	0.209	-0.011	0.1611	-2.7733	-7.9065	-9.582
2	0.8504	-0.0153	-0.0053	0.1836	-0.3627	0.8699	-0.0626	-0.0153	0.0538	0.0108	0.0895	0.0631	-0.0532	-0.0321	-0.0269	0.18	0.0057	0.0019	0.2197	0.0079	0.1639	-12.2377	6.2219	-3.8186
3	1.6005	4.4325	-0.6747	28.1745	6.2274	4.5352	0.2744	-0.2303	0.1761	0.8656	-0.0921	-0.0451	-0.0071	0.2263	-0.1823	0.2021	0.0086	0.0133	0.2894	-0.0742	0.2396	-8.4519	4.3897	6.8444
4	4.4702	-6.0472	-6.6057	14.7818	16.308	18.0151	-0.1433	0.3339	-0.5798	0.6971	-0.4719	0.5795	0.8516	-0.5032	0.6152	0.3486	-0.0461	-0.0305	0.1857	-0.014	0.1851	-10.0978	-14.4737	-12.0853
5	0.4239	0.7631	0.6619	2.8498	2.8449	6.1442	0.0714	0.0671	0.0241	0.095	0.0655	0.0085	0.3412	-0.138	-0.1368	0.1285	0.0102	0.005	0.1927	0.0063	0.1292	-5.0005	-8.869	-11.7508
6	1.165	-0.2189	-1.5134	2.9142	-0.183	4.7168	0.1222	-0.0953	0.0714	0.0978	-0.1232	-0.0849	-0.2315	-0.1273	0.0009	0.0922	-0.0339	-0.0185	0.207	-0.0256	0.1836	-6.5622	11.3553	4.6229
7	1.729	1.3166	0.0363	1.6122	0.1346	0.0353	0.202	-0.1347	-0.0358	0.1233	-0.3065	0.3124	-0.0505	-0.088	0.1044	0.252	0.0652	-0.019	0.2996	-0.0639	0.2369	-17.2986	6.7046	-2.0406
8	0.7541	-1.4705	0.7039	17.6575	-6.9232	2.7406	-0.0565	0.177	-0.0272	-0.172	0.0794	-0.0344	0.0606	0.0004	-0.0229	0.2162	0.0171	0.0334	0.1925	-0.0335	0.1935	-13.7154	23.2238	0.3617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	91 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	99 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	110 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	120 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	135 - 147

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