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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdf
タイトルStructural insights into putative molybdenum cofactor biosynthesis protein C (MoaC2) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / MoaC2 / Ferrodoxin-like fold / Moco biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic pyranopterin monophosphate synthase / cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdenum cofactor biosynthesis C / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain superfamily / MoaC family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic pyranopterin monophosphate synthase 2 / Cyclic pyranopterin monophosphate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Srivastava, V.K. / Srivastava, S. / Arora, A. / Pratap, J.V.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into Putative Molybdenum Cofactor Biosynthesis Protein C (MoaC2) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv.
著者: Srivastava, V.K. / Srivastava, S. / Arora, A. / Pratap, J.V.
履歴
登録2012年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3872
ポリマ－37,3872
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1606
ポリマ－112,1606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area18290 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.900, 91.900, 91.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Molybdenum cofactor biosynthesis protein C 2


分子量: 18693.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
遺伝子: M. tuberculosis, moaC2, MT0887, MTV043.57, Rv0864
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A5K6, UniProt: P9WJR7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.025M potassium sodium tartrate tetra hydrate solution, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→27.71 Å / Num. obs: 13345 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EKR

1ekr


解像度: 2.202→27.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.773 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24942 647 4.9 %RANDOM
Rwork0.20546 ---
obs0.2075 12651 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.449 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→27.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1917 0 0 65 1982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9742637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.675268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.15223.57156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60615306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3221513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 48 -
Rwork0.278 841 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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