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万見
- PDB-4fdd: Crystal structure of KAP beta2-PY-NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdd
タイトルCrystal structure of KAP beta2-PY-NLS
要素
  • RNA-binding protein FUS
  • Transportin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEAT repeats / Karyopherin / nuclear import / protein transport / importin / transportin
機能・相同性
機能・相同性情報


Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / mRNA stabilization / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / mRNA stabilization / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / transcription coregulator activity / protein homooligomerization / cilium / small GTPase binding / protein import into nucleus / amyloid fibril formation / transcription coactivator activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Zinc finger domain ...TAF15/EWS/TLS family / Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein FUS / Transportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, Z.C. / Chook, Y.M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural and energetic basis of ALS-causing mutations in the atypical proline-tyrosine nuclear localization signal of the Fused in Sarcoma protein (FUS).
著者: Zhang, Z.C. / Chook, Y.M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Conformational heterogeneity of karyopherin beta2 is segmental.
著者: Cansizoglu, A.E. / Chook, Y.M.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure-based design of a pathway-specific nuclear import inhibitor.
著者: Cansizoglu, A.E. / Lee, B.J. / Zhang, Z.C. / Fontoura, B.M. / M Chook, Y.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Rules for nuclear localization sequence recognition by karyopherin beta 2.
著者: Lee, B.J. / Cansizoglu, A.E. / Louis, T.H. / Zhang, Z.C. / Chook, Y.M.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of the nuclear transport complex karyopherin-beta2-Ran x GppNHp.
著者: Chook, Y.M. / Blobel, G.
履歴
登録2012年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transportin-1
B: RNA-binding protein FUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9192
ポリマ－99,9192
非ポリマー00
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area37430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.720, 157.255, 67.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transportin-1 / Importin beta-2 / Karyopherin beta-2 / M9 region interaction protein / MIP


分子量: 96622.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNB2, MIP1, TNPO1, Transportin-1, TRN / プラスミド: pGexTev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92973
#2: タンパク質・ペプチド RNA-binding protein FUS / 75 kDa DNA-pairing protein / Oncogene FUS / Oncogene TLS / POMp75 / Translocated in liposarcoma protein


分子量: 3296.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUS, TLS / プラスミド: pGexTev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35637
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 1 M succinic acid, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 1% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99.61 Å / Num. obs: 60461 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.2 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3430.45324200.857178.9
2.34-2.383.20.43226390.923186.8
2.38-2.433.40.40828460.944192.8
2.43-2.4840.38629561.019197.8
2.48-2.534.50.36930251.072198.6
2.53-2.595.10.34130501.135199.4
2.59-2.665.50.30630251.238199.5
2.66-2.735.80.26830701.256199.8
2.73-2.8160.23630811.348199.7
2.81-2.96.10.20930371.444199.7
2.9-36.30.17730661.347199.7
3-3.126.50.15130791.475199.6
3.12-3.266.60.12430661.445199.9
3.26-3.446.80.10831071.432199.9
3.44-3.6570.09230981.17199.8
3.65-3.937.10.0831191.0631100
3.93-4.337.10.07131031.252199.9
4.33-4.957.10.07131541.094199.9
4.95-6.2470.06931901.113199.9
6.24-506.70.03933300.766199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å49.8 Å
Translation3 Å49.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→99.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.264 / WRfactor Rwork: 0.223 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.799 / SU B: 16.74 / SU ML: 0.182 / SU R Cruickshank DPI: 0.2382 / SU Rfree: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2447 3061 5.1 %RANDOM
Rwork0.2078 ---
all0.2796 ---
obs0.287 60430 97.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.87 Å2 / Biso mean: 70.672 Å2 / Biso min: 26.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→99.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6821 0 0 148 6969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.9769457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9345853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.99824.984317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.894151249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8221536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215220
LS精密化 シェル解像度: 2.297→2.357 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 157 -
Rwork0.365 3279 -
all-3436 -
obs--78.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5613-0.114-0.07270.35670.12770.05140.0960.01810.0708-0.027-0.0814-0.0525-0.0101-0.0084-0.01470.0480.02470.00740.14040.03630.076134.84538.096-3.742
22.87150.46390.45131.81190.15680.10170.061-0.00540.12940.1183-0.02380.07680.0003-0.0267-0.03720.0835-0.01410.03850.16350.05410.136733.51742.6884.661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 890
2X-RAY DIFFRACTION2B507 - 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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