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- PDB-4fcz: Crystal Structure of Toluene-tolerance protein from Pseudomonas p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fcz
タイトルCrystal Structure of Toluene-tolerance protein from Pseudomonas putida (strain KT2440), Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target PpR99
要素Toluene-tolerance protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Tgt2/MlaC / Tgt2/MlaC superfamily / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Toluene tolerance protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target PpR99
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2012年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Toluene-tolerance protein
A: Toluene-tolerance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2632
ポリマ－50,2632
非ポリマー00
水73941
1
A: Toluene-tolerance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1321
ポリマ－25,1321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Toluene-tolerance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1321
ポリマ－25,1321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.868, 40.883, 82.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer,24.6 kD,88.3%

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要素

#1: タンパク質 Toluene-tolerance protein


分子量: 25131.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: ttg2D, PP_0961 / 参照: UniProt: Q88P91
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.068
反射解像度: 2.6→39.086 Å / Num. obs: 28693 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1269精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(AutoSolve)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.604→39.086 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 30.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2976 1574 10.63 %
Rwork0.2326 --
obs0.2367 14803 92.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.206 Å2-0 Å2-6.274 Å2
2--1.742 Å20 Å2
3---5.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→39.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 0 41 2903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1893939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2321101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6067-2.69080.3678920.2827817X-RAY DIFFRACTION56
2.6908-2.78690.37071210.27231034X-RAY DIFFRACTION72
2.7869-2.89840.32191270.26111184X-RAY DIFFRACTION82
2.8984-3.03030.35261340.26451200X-RAY DIFFRACTION85
3.0303-3.18990.29241440.25691249X-RAY DIFFRACTION86
3.1899-3.38960.31641400.23771280X-RAY DIFFRACTION88
3.3896-3.65110.30151520.23251262X-RAY DIFFRACTION88
3.6511-4.0180.2811460.21121293X-RAY DIFFRACTION89
4.018-4.59830.22671440.20621305X-RAY DIFFRACTION89
4.5983-5.7890.2871500.21341311X-RAY DIFFRACTION89
5.789-34.60580.30691520.21881359X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.3534 Å / Origin y: 18.1984 Å / Origin z: 53.8285 Å
111213212223313233
T0.3965 Å2-0.0103 Å2-0.0917 Å2-0.0468 Å2-0.0179 Å2--0.3299 Å2
L0.3589 °20.0132 °2-0.0442 °2-1.5014 °2-0.3138 °2--0.4231 °2
S0.0355 Å °-0.0334 Å °0.0348 Å °0.1936 Å °-0.0066 Å °-0.263 Å °-0.002 Å °0.0352 Å °0.0231 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA20 - 206
2X-RAY DIFFRACTION1allB22 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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