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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fci | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Mn2+2-Human Arginase I-AGPA Complex | ||||||
![]() | Arginase-1 | ||||||
![]() | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Arginase Fold / Hydrolase / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | D'Antonio, E.L. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of the unreactive substrate analog L-2-amino-3-guanidinopropionic acid (dinor-L-arginine) to human arginase I. 著者: D'Antonio, E.L. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 断片: Human Arginase I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-GPA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: An unliganded Mn2+2-HAI crystal was soaked in 50 mM AGPA, 5 mM MnCl2, 100 mM bicine (pH 8.5), 32% (v/v) Jeffamine ED-2001 for 21 hours, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 詳細: Cryogenically cooled double crystal monochromater with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror. |
放射 | モノクロメーター: Sagitally focused Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→50 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 18.056 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 9.313 / Rsym value: 0.183 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2AEB 解像度: 1.82→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.89 Å
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