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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fch | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure SusE from Bacteroides thetaiotaomicron with maltoheptaose | |||||||||
![]() | Outer membrane protein SusE | |||||||||
![]() | Carbohydrate-binding protein / starch binding / outermembrane / extracellular | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Koropatkin, N.M. / Cameron, E.A. / Martens, E.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Multidomain Carbohydrate-binding Proteins Involved in Bacteroides thetaiotaomicron Starch Metabolism. 著者: Cameron, E.A. / Maynard, M.A. / Smith, C.J. / Smith, T.J. / Koropatkin, N.M. / Martens, E.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 873.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 878.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24756.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3700, susE / プラスミド: pET-28TEV / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.62 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM Bis Tris Propane, 2.0M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 141909 / Num. obs: 141909 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 39.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 6557 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 91.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: SeMet SusE 解像度: 1.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.2 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.954 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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