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- PDB-4fbu: Dpo4 polymerase pre-insertion binary complex with the N-(deoxygua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fbu
タイトルDpo4 polymerase pre-insertion binary complex with the N-(deoxyguanosin-8-yl)-1-aminopyrene lesion
要素
  • DNA polymerase IV
  • DNA primer
  • DNA template
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kirouac, K. / Basu, A. / Ling, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural mechanism of replication stalling on a bulky amino-polycyclic aromatic hydrocarbon DNA adduct by a y family DNA polymerase.
著者: Kirouac, K.N. / Basu, A.K. / Ling, H.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
P: DNA primer
T: DNA template
D: DNA primer
C: DNA template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,17510
ポリマ－95,0146
非ポリマー1604
水4,468248
1
A: DNA polymerase IV
P: DNA primer
T: DNA template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5875
ポリマ－47,5073
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase IV
D: DNA primer
C: DNA template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5875
ポリマ－47,5073
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.774, 181.458, 52.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 39019.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA primer


分子量: 3880.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: DNA鎖 DNA template


分子量: 4607.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Ca(Ac)2, 0.1 M Hepes 7.0, 15 % PEG 3350, 2.5 % glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31.24 Å / Num. all: 29148 / Num. obs: 25790 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.4_486) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→31.24 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 1324 5.13 %
Rwork0.2175 --
obs0.2198 25790 89.95 %
all-29148 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.794 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.854 Å20 Å22.3644 Å2
2--10.0547 Å2-0 Å2
3----7.2007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5467 1136 4 248 6855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2229391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0462697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004999
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.70410.31951190.32782605X-RAY DIFFRACTION86
2.7041-2.82710.37391630.30772676X-RAY DIFFRACTION89
2.8271-2.9760.37331470.29952749X-RAY DIFFRACTION91
2.976-3.16230.30441560.24612777X-RAY DIFFRACTION92
3.1623-3.40620.27061590.21912814X-RAY DIFFRACTION93
3.4062-3.74850.25131460.21662856X-RAY DIFFRACTION94
3.7485-4.28970.24591600.18482844X-RAY DIFFRACTION95
4.2897-5.40.19011500.17252748X-RAY DIFFRACTION91
5.4-31.24180.26071240.21582397X-RAY DIFFRACTION78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1141-0.7849-1.46211.0033-0.08010.5405-0.07640.50020.4156-0.0693-0.12150.00710.12-0.18640.13460.2376-0.0507-0.05190.26480.0560.33562.4946-37.934-3.1111
22.1991-0.91981.10071.3503-0.10420.5859-0.15450.61610.450.11260.0299-0.1743-0.02820.04030.10050.2154-0.1227-0.05990.30440.08920.33523.5216-37.7758-4.844
31.79380.1060.54731.91671.17833.20030.01630.04620.74850.05610.3601-0.3315-0.48420.3233-0.32580.2794-0.10770.01360.1942-0.05720.6324-0.7053-17.03435.6721
44.0762-2.88312.30472.6105-1.03072.75870.50320.9191-0.905-0.1578-0.38170.61160.17731.078-0.07940.19520.0312-0.11270.7424-0.18890.3853-20.1982-33.5494-18.3467
52.1080.9979-1.79590.1051-1.11612.0926-0.1048-0.01810.35620.09960.03340.1776-0.22540.04890.05090.3472-0.04640.01720.1498-0.02810.2658-14.6893-55.855212.4023
61.6320.09310.02211.9164-0.69511.2997-0.39850.5539-0.2739-0.04130.2133-0.16350.3548-0.35870.21640.3676-0.11340.15670.1971-0.16760.3095-25.3165-75.395712.2412
71.5204-0.4484-0.19390.4040.07590.2274-0.1283-0.9582-0.17130.09810.4619-0.0473-0.54670.2064-0.19730.2552-0.11460.05210.4110.04920.203-26.8586-76.00524.4573
82.4261-0.25621.01641.5177-0.4560.92220.12081.0463-0.0008-0.1041-0.1876-0.1877-0.11480.36620.07420.2625-0.05920.04140.5931-0.00860.1403-7.7112-59.568839.8356
90.6687-0.778-0.191.66631.15450.95210.6598-0.1107-0.32321.4755-1.0401-0.04110.79090.35120.22641.2673-0.2582-0.05910.46130.22780.411-12.4444-76.259236.0728
102.58580.3587-1.05151.78431.42792.37280.3825-0.4060.3623-0.31180.042-0.30730.77920.8259-0.56280.55340.0301-0.00210.26590.04880.247-13.1709-76.570434.8581
112.3325-0.1751.34581.1356-0.5260.8797-0.82890.829-0.08380.44070.24830.12260.04880.69680.32340.6834-0.00670.15420.71320.03030.744-17.4426-16.8041-13.0637
120.3720.28480.20282.79370.75612.12620.33190.61680.1016-0.2123-1.38390.636-0.464-0.17640.50010.54270.2654-0.21970.8515-0.19760.7226-18.3568-17.3736-14.012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:44)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 45:92)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 93:239)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 240:341)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:91)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 92:229)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 230:246)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 247:341)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 5:16)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 2:13)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain P and resid 2:13)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain T and resid 5:16)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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