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- PDB-4fb3: Polyomavirus T-ag binds symmetrical repeats at the viral origin i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fb3
タイトルPolyomavirus T-ag binds symmetrical repeats at the viral origin in an asymmetrical manner
要素
  • Large T antigen
  • ORI DNA oligonucleotide-Crick strand
  • ORI DNA oligonucleotide-Watson strand
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / origin binding domain / protein-dna complex / replication / DNA binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily ...Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Large T antigen / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Bohm, A. / Harrison, C.J. / Schaffhausen, B.S. / Jiang, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Polyomavirus large T antigen binds symmetrical repeats at the viral origin in an asymmetrical manner.
著者: Harrison, C. / Jiang, T. / Banerjee, P. / Meinke, G. / D'Abramo, C.M. / Schaffhausen, B. / Bohm, A.
履歴
登録2012年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ORI DNA oligonucleotide-Crick strand
W: ORI DNA oligonucleotide-Watson strand
A: Large T antigen
B: Large T antigen
E: Large T antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8575
ポリマ－66,8575
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.150, 167.922, 77.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 ORI DNA oligonucleotide-Crick strand


分子量: 7992.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC
#2: DNA鎖 ORI DNA oligonucleotide-Watson strand


分子量: 7992.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC
#3: タンパク質 Large T antigen / LT / LT-AG


分子量: 16957.445 Da / 分子数: 3 / Fragment: origin binding domain, UNP residues 290-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mouse polyomavirus (ウイルス) / 遺伝子: Large T-antigen / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: P03074, UniProt: P0DOJ4*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 14% PEG 3350, 140 mM sodium citrate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→117.46 Å / Num. all: 11102 / Num. obs: 11084 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.79→46.931 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 529 4.77 %random
Rwork0.2218 ---
obs0.2229 11080 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.572 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.8896 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.1107 Å20 Å2
3----16.7789 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.79→46.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 1060 0 0 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0355612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7591546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.79-4.17120.31361200.2812579X-RAY DIFFRACTION100
4.1712-4.77430.22321220.20812615X-RAY DIFFRACTION100
4.7743-6.01310.23651390.19842624X-RAY DIFFRACTION100
6.0131-46.93440.23571480.222733X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4070.6778-1.32882.54010.22243.88430.2055-0.22630.02820.4055-0.1667-0.40060.07380.5090.00010.70660.0967-0.01790.6865-0.04040.7055-12.9371114.601-9.6727
24.8366-0.50660.58973.4522-0.26712.2714-0.0672-0.03460.0829-0.57130.1503-0.32810.08910.10090.00020.7638-0.04180.03130.6417-0.04540.69-15.995977.4075-18.1851
34.2269-1.5849-1.96744.56260.11627.2176-0.13860.0524-0.2659-0.38530.08150.2084-0.0843-0.33580.00030.70450.1762-0.05260.6704-0.0020.742-52.737138.01490.7183
40.6526-0.65920.2451.30041.90631.24890.25390.3315-0.10430.3556-0.26660.62360.0404-0.2963-0.00020.83360.15040.07741.08640.00551.0285-36.1699108.9848-15.0995
51.4689-0.9128-0.61730.09730.50831.04870.23790.2808-0.1298-0.0689-0.4559-0.0492-0.233-0.3874-0.00030.99410.08540.02831.0808-0.12280.8857-37.2462112.2153-14.0229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain E)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain W)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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