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- PDB-4f9p: Crystal Structure of the Human BTN3A1 Ectodomain in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9p
タイトルCrystal Structure of the Human BTN3A1 Ectodomain in Complex with the 103.2 Single Chain Antibody
要素
  • 103.2 anti-BTN3A1 antibody fragment
  • Butyrophilin subfamily 3 member A1
キーワードIMMUNE SYSTEM / B7 superfamily / Butyrophilin / CD277
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 3 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.519 Å
データ登録者Palakodeti, A. / Sandstrom, A. / Sundaresan, L. / Harly, C. / Nedellec, S. / Olive, D. / Scotet, E. / Bonneville, M. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The molecular basis for modulation of human V(gamma)9V(delta)2 T cell responses by CD277/Butyrophilin-3 (BTN3A)-specific antibodies
著者: Palakodeti, A. / Sandstrom, A. / Sundaresan, L. / Harly, C. / Nedellec, S. / Olive, D. / Scotet, E. / Bonneville, M. / Adams, E.J.
履歴
登録2012年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 3 member A1
B: Butyrophilin subfamily 3 member A1
D: 103.2 anti-BTN3A1 antibody fragment
C: 103.2 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6144
ポリマ－100,6144
非ポリマー00
水00
1
A: Butyrophilin subfamily 3 member A1
B: Butyrophilin subfamily 3 member A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2812
ポリマ－47,2812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 103.2 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6661
ポリマ－26,6661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 103.2 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6661
ポリマ－26,6661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: 103.2 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6661
ポリマ－26,6661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.360, 117.680, 121.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21C
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'D' and (resseq 1:113 or resseq 137:141 or resseq 143:244 )D1 - 113
121chain 'D' and (resseq 1:113 or resseq 137:141 or resseq 143:244 )D137 - 141
131chain 'D' and (resseq 1:113 or resseq 137:141 or resseq 143:244 )D143 - 244
211chain 'C' and (resseq 1:113 or resseq 137:141 or resseq 143:244 )C1 - 113
221chain 'C' and (resseq 1:113 or resseq 137:141 or resseq 143:244 )C137 - 141
231chain 'C' and (resseq 1:113 or resseq 137:141 or resseq 143:244 )C143 - 244
112chain 'A' and (resseq 1:181 or resseq 188:198 or resseq 200:213 )A1 - 181
122chain 'A' and (resseq 1:181 or resseq 188:198 or resseq 200:213 )A188 - 198
132chain 'A' and (resseq 1:181 or resseq 188:198 or resseq 200:213 )A200 - 213
212chain 'B' and (resseq 1:181 or resseq 188:198 or resseq 200:213 )B1 - 181
222chain 'B' and (resseq 1:181 or resseq 188:198 or resseq 200:213 )B188 - 198
232chain 'B' and (resseq 1:181 or resseq 188:198 or resseq 200:213 )B200 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 3 member A1


分子量: 23640.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain (UNP Residues 30-246) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTF5, BTN3A1 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O00481
#2: 抗体 103.2 anti-BTN3A1 antibody fragment


分子量: 26666.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IgG / プラスミド: pAK300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 33D3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH7.5, 1M Sodium Chloride, 15% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. all: 16002 / Num. obs: 16002 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 113.52 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.45-3.51199.6
3.51-3.57199.6
3.57-3.641100
3.64-3.721100
3.72-3.8199.5
3.8-3.89199.1
3.89-3.98199.6
3.98-4.09199.4
4.09-4.21196.8
4.21-4.35196.8
4.35-4.5198
4.5-4.68199.9
4.68-4.891100
4.89-5.15199.9
5.15-5.471100
5.47-5.9199.9
5.9-6.491100
6.49-7.43199.9
7.43-9.35199.9
9.35-50196.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 48F0, 3DIF, 1XGP

48f0

3dif

1xgp


解像度: 3.519→41.54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.5927 / SU ML: 1.43 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4076 668 4.91 %
Rwork0.3731 --
obs0.3748 13608 83.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 130.54 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 126.4291 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9566 Å2-0 Å20 Å2
2---0.066 Å2-0 Å2
3---2.1287 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.519→41.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5552 0 0 0 5552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3777783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3031599
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11D1437X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
12C1437X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
21A1134X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
22B1134X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.519-3.79060.4479440.43851199124339
3.7906-4.17170.42471310.42812423255480
4.1717-4.77460.39121700.3662977314798
4.7746-6.01260.40931630.381531113274100
6.0126-41.54260.40811600.34993230339099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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