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万見
- PDB-4f9k: Crystal Structure of human cAMP-dependent protein kinase type I-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9k
タイトルCrystal Structure of human cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit (fragment 11-73), Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8613A
要素cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
キーワードTransferase Regulator / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fear response / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / regulation of synaptic vesicle cycle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding ...positive regulation of fear response / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / regulation of synaptic vesicle cycle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding / PKA activation in glucagon signalling / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / DARPP-32 events / Hedgehog 'off' state / cAMP binding / multivesicular body / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of long-term synaptic potentiation / Schaffer collateral - CA1 synapse / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / learning or memory / postsynapse / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIbeta, dimerization/docking domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. ...RIbeta, dimerization/docking domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of human cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit (fragment 11-73), Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8613A
著者: Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6394
ポリマ－46,6394
非ポリマー00
水00
1
A: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3202
ポリマ－23,3202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
2
C: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3202
ポリマ－23,3202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.270, 50.070, 75.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit


分子量: 11659.776 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAR1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: P31321
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Na-c, microbatch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 13955 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 56.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_988精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.658 / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 362 4.59 %random
Rwork0.254 ---
obs0.257 7880 97.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.673 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 217.66 Å2 / Biso mean: 69.173 Å2 / Biso min: 33.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.425 Å2-0 Å20 Å2
2---0.659 Å2-0 Å2
3---1.084 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 0 0 1906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4752573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.036791
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-3.2050.4361170.3272382249995
3.205-4.0360.3451190.2412517263699
4.036-29.3020.2781260.2392619274598
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.0303 Å / Origin y: 15.17 Å / Origin z: 33.1361 Å
111213212223313233
T0.4869 Å2-0.0133 Å20.0148 Å2-0.3613 Å2-0.0252 Å2--0.4443 Å2
L0.7187 °2-0.0164 °20.5319 °2-0.0718 °2-0.5275 °2--3.0099 °2
S0.1221 Å °0.0187 Å °0.1325 Å °0.0788 Å °-0.0809 Å °-0.003 Å °0.3648 Å °-0.0647 Å °0.005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA16 - 72
2X-RAY DIFFRACTION1allB16 - 73
3X-RAY DIFFRACTION1allC16 - 73
4X-RAY DIFFRACTION1allD16 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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