PDB-4f8y: Complex structure of NADPH:quinone oxidoreductase with menadione ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f8y

タイトル

Complex structure of NADPH:quinone oxidoreductase with menadione in Streptococcus mutans

要素

NADPH Quinone Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADPH / Quinone Oxidoreductase / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.796 Å

データ登録者

Wang, Z. / Li, L. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Complex structure of NADPH:quinone oxidoreductase with menadione in Streptococcus mutans
著者: Wang, Z. / Li, L. / Su, X.-D.

履歴

登録	2012年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f8y.cif.gz	180.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f8y.ent.gz	142.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f8y_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f8y_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4f8y_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	4f8y_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/4f8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/4f8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lcm-2 3lcm-1 6j4p-d 4b0s-d 1cgz-d 3c5i-2 6vnm-2 1lcy-d 3e32-3 4gmv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH Quinone Oxidoreductase

B: NADPH Quinone Oxidoreductase

C: NADPH Quinone Oxidoreductase

D: NADPH Quinone Oxidoreductase

ヘテロ分子

95.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH Quinone Oxidoreductase

B: NADPH Quinone Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NADPH Quinone Oxidoreductase

D: NADPH Quinone Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.614, 79.413, 106.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NADPH Quinone Oxidoreductase 分子量: 22828.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 遺伝子: SMU_1420 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DTD1, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-VK3 / MENADIONE / VITAMIN K3 / 2-METHYL-1,4-NAPHTHALENEDIONE 分子量: 172.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₈O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M KCl, 0.05M HEPES pH7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate(5/4 PO/OH), EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.796→50 Å / Num. all: 78361 / Num. obs: 77264 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.796→19.959 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.94 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1828	3925	5.08 %	random
R_work	0.1556	-	-	-
obs	0.157	77239	98.18 %	-
all	-	78361	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.566 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5748 Å²	-0 Å²	1.4719 Å²
2-	-	-1.1081 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.5333 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.796→19.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6144	0	264	558	6966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6603
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	9039
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.29	2431
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	985
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.796-1.8266	0.2908	161	0.2706	2953	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8266-1.8598	0.3287	176	0.2646	3480	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8598-1.8955	0.2945	181	0.2606	3593	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8955-1.9342	0.2663	193	0.2455	3697	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9342-1.9762	0.2552	205	0.2342	3698	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9762-2.0221	0.2449	190	0.2246	3719	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0221-2.0726	0.2445	217	0.2138	3681	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0726-2.1286	0.2095	180	0.2034	3749	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1286-2.1912	0.22	203	0.1909	3753	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1912-2.2618	0.2191	208	0.1888	3700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2618-2.3425	0.2111	203	0.1842	3702	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3425-2.4361	0.2121	207	0.1798	3712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4361-2.5468	0.1933	215	0.1738	3734	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5468-2.6808	0.1949	203	0.1682	3746	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6808-2.8483	0.1835	195	0.155	3716	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8483-3.0675	0.1807	194	0.1457	3722	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0675-3.3749	0.1462	194	0.1166	3756	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3749-3.8601	0.1305	183	0.0954	3701	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8601-4.8518	0.0945	200	0.0801	3704	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8518-19.959	0.1631	189	0.1328	3826	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)