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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f8y | ||||||
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タイトル | Complex structure of NADPH:quinone oxidoreductase with menadione in Streptococcus mutans | ||||||
![]() | NADPH Quinone Oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADPH / Quinone Oxidoreductase / FAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Z. / Li, L. / Su, X.-D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complex structure of NADPH:quinone oxidoreductase with menadione in Streptococcus mutans 著者: Wang, Z. / Li, L. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22828.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SMU_1420 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-VK3 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M KCl, 0.05M HEPES pH7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate(5/4 PO/OH), EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.796→50 Å / Num. all: 78361 / Num. obs: 77264 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.566 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.796→19.959 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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