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- PDB-4f8t: Crystal Structure of the Human BTN3A3 Ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8t
タイトルCrystal Structure of the Human BTN3A3 Ectodomain
要素Butyrophilin subfamily 3 member A3
キーワードIMMUNE SYSTEM / B7 superfamily / Butyrophilin / CD277
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / T cell mediated immunity / regulation of cytokine production / T cell receptor signaling pathway / nuclear body / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / membrane ...Butyrophilin (BTN) family interactions / T cell mediated immunity / regulation of cytokine production / T cell receptor signaling pathway / nuclear body / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 3 member A3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.382 Å
データ登録者Palakodeti, A. / Sandstrom, A. / Sundaresan, L. / Harly, C. / Nedellec, S. / Olive, D. / Scotet, E. / Bonneville, M. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The molecular basis for modulation of human V(gamma)9V(delta)2 T cell response by CD277/Butryophilin (BTN3A)-specific antibodies
著者: Palakodeti, A. / Sandstrom, A. / Sundaresan, L. / Harly, C. / Nedellec, S. / Olive, D. / Scotet, E. / Bonneville, M. / Adams, E.J.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 3 member A3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4521
ポリマ－24,4521
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Butyrophilin subfamily 3 member A3

A: Butyrophilin subfamily 3 member A3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9032
ポリマ－48,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.841, 78.430, 98.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-321-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 3 member A3


分子量: 24451.570 Da / 分子数: 1 / 断片: Ectodomain (UNP Residues 30-246) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTF3, BTN3A3 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O00478
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M Citric acid pH4.0, 0.8M ammonium sulfate, 0.15M Sodium Fluoride, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 12256 / Num. obs: 12256 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.78 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.38-2.42166.9
2.42-2.47175.3
2.47-2.51183.9
2.51-2.56188
2.56-2.62190
2.62-2.68193.2
2.68-2.75198.4
2.75-2.82197.5
2.82-2.9198.9
2.9-31100
3-3.11199.8
3.11-3.231100
3.23-3.381100
3.38-3.551100
3.55-3.781100
3.78-4.071100
4.07-4.481100
4.48-5.13199.8
5.13-6.461100
6.46-50199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F80

4f80


解像度: 2.382→30.964 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8104 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 579 4.85 %
Rwork0.2211 --
obs0.2223 11927 92.34 %
all-12256 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.325 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.74 Å2 / Biso mean: 34.5006 Å2 / Biso min: 5.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.7632 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.6402 Å20 Å2
3----0.123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.382→30.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1590 0 0 76 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1632201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.237587
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.382-2.62150.2864940.26882275236975
2.6215-3.00060.29861620.25252840300295
3.0006-3.77940.24061650.22043030319599
3.7794-30.96650.2171580.199732033361100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0150.01810.00770.07040.02350.0194-0.01430.00090.0499-0.0678-0.03140.01790.0229-0.017-0.04750.04430.00310.0053-0.02770.05460.072815.338-15.6535-23.3916
20.5908-0.00340.02810.12890.08550.1325-0.11170.06980.04310.0258-0.00850.01930.24540.12530.00870.21990.07020.04340.1770.01340.148121.6151-50.9626-11.0264
30.3234-0.21480.13720.2731-0.02760.2819-0.06760.04580.02850.0119-0.0681-0.06150.14630.1286-0.00680.16320.05720.01660.11990.03390.0725.8238-52.5795-5.0116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:115)A1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 116:174)A116 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 175:213)A175 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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