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- PDB-4f8a: Cyclic nucleotide binding-homology domain from mouse EAG1 potassi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8a
タイトルCyclic nucleotide binding-homology domain from mouse EAG1 potassium channel
要素Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / probable regulatory domain of potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / parallel fiber to Purkinje cell synapse / nuclear inner membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylinositol bisphosphate binding / startle response ...Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / parallel fiber to Purkinje cell synapse / nuclear inner membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylinositol bisphosphate binding / startle response / axolemma / voltage-gated potassium channel complex / 14-3-3 protein binding / potassium ion transmembrane transport / cellular response to calcium ion / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / presynaptic membrane / regulation of cell population proliferation / early endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / perikaryon / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / axon / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated delayed rectifier potassium channel KCNH1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Marques-Carvalho, M.J. / Sahoo, N. / Muskett, F.W. / Vieira-Pires, R.S. / Gabant, G. / Cadene, M. / Schonherr, R. / Morais-Cabral, J.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural, Biochemical, and Functional Characterization of the Cyclic Nucleotide Binding Homology Domain from the Mouse EAG1 Potassium Channel.
著者: Marques-Carvalho, M.J. / Sahoo, N. / Muskett, F.W. / Vieira-Pires, R.S. / Gabant, G. / Cadene, M. / Schonherr, R. / Morais-Cabral, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic characterization of a cyclic nucleotide-binding homology domain from the mouse EAG potassium channel.
著者: Marques-Carvalho, M.J. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0201
ポリマ－18,0201
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.346, 60.346, 85.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 / Ether-a-go-go potassium channel 1 / EAG channel 1 / EAG1 / m-eag / Voltage-gated potassium channel ...Ether-a-go-go potassium channel 1 / EAG channel 1 / EAG1 / m-eag / Voltage-gated potassium channel subunit Kv10.1


分子量: 18019.867 Da / 分子数: 1
断片: Cyclic nucleotide binding-homology domain (unp residues 552-707)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eag, Kcnh1 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60603
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.2 M tri-sodium citrate di-hydrate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→52.3 Å / Num. all: 9566 / Num. obs: 9566 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.37 / Observed criterion σ(I): 2.2 / Biso Wilson estimate: 44.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 2.2→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→52.261 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8415 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 459 4.81 %5%
Rwork0.1892 ---
obs0.1907 9538 99.41 %-
all-9566 --
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.948 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.08 Å2 / Biso mean: 58.2904 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9636 Å2-0 Å20 Å2
2--1.9636 Å2-0 Å2
3----3.9272 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→52.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1156 0 0 41 1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1091613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.66425
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.33772.0166-2.6430.6422-0.79433.36290.27980.9459-0.5816-1.6441-0.1736-2.71021.0754-0.32560.4210.5945-0.03470.22730.7892-0.31940.78856.282318.864-28.2596
23.41240.4864-1.93253.10781.03167.1927-0.07020.28310.6459-0.0630.56180.1217-0.4478-0.0032-0.44190.1754-0.01540.02760.55570.02630.3624-3.877925.9581-18.7479
36.33735.6379-0.24475.0610.19563.647-0.67460.7521-0.1627-0.56410.657-0.92170.10331.0301-0.11180.01920.04250.03810.7121-0.08390.38033.094120.0661-18.1057
43.69261.81360.11873.87070.46317.2203-0.07850.5014-0.7980.72530.1084-0.06460.77990.49880.0790.42890.0160.0870.49650.0530.4082-15.22138.3445-14.4609
55.85620.2843-1.56972.36161.34276.41930.0035-0.21950.17340.3804-0.00040.5730.9475-0.15830.12360.1247-0.04620.17670.34320.19310.4754-17.329614.8597-11.3298
63.66254.1628-0.75996.43870.99023.87840.513-0.80510.55290.9722-0.36610.90340.34180.1105-0.12590.3637-0.02840.17780.5012-0.05420.4088-14.875517.4622-6.0829
73.74-1.15962.13953.8232-2.61096.9467-0.127-0.05680.52530.4892-0.23610.09090.3850.25920.23380.4492-0.13420.15040.50640.09750.3942-18.048310.1927-9.9499
83.57082.3942-0.12272.69420.75791.61180.0058-0.88410.08980.60040.2824-0.36090.22621.3333-0.14180.17460.1576-0.14091.0461-0.09250.23820.723817.9495-10.1574
98.09624.3645-1.69179.54511.33746.44980.7323-1.57121.29980.587-0.53360.27470.33641.17170.01260.40850.040.19190.6079-0.22970.4791-8.684722.6561-3.9241
105.15183.22320.09785.25941.65973.2877-0.2849-0.7493-0.66290.594-0.7340.8410.9069-1.1479-0.57911.2875-0.15760.53930.996-0.13620.6624-23.15314.04343.3574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 562:566)A562 - 566
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 567:586)A567 - 586
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 587:597)A587 - 597
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 598:615)A598 - 615
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 616:631)A616 - 631
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 632:652)A632 - 652
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 653:667)A653 - 667
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 668:688)A668 - 688
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 689:702)A689 - 702
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 703:707)A703 - 707

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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