[日本語] English
万見
- PDB-4f87: X-ray Crystal Structure of PlyCB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f87
タイトルX-ray Crystal Structure of PlyCB
要素PlyCB
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN / Lysin / bacteriophage
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #190 / : / : / Streptococcus virus C1, PlyCB / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin PlyC, small cell-wall binding subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus phage C1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / S-SAD / 解像度: 1.4 Å
データ登録者McGowan, S. / Buckle, A.M. / Fischetti, V.A. / Nelson, D.C. / Whisstock, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: X-ray crystal structure of the streptococcal specific phage lysin PlyC.
著者: McGowan, S. / Buckle, A.M. / Mitchell, M.S. / Hoopes, J.T. / Gallagher, D.T. / Heselpoth, R.D. / Shen, Y. / Reboul, C.F. / Law, R.H. / Fischetti, V.A. / Whisstock, J.C. / Nelson, D.C.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22012年8月15日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PlyCB
B: PlyCB
C: PlyCB
D: PlyCB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2336
ポリマ－31,9974
非ポリマー2362
水6,720373
1
A: PlyCB
B: PlyCB
C: PlyCB
D: PlyCB
ヘテロ分子

A: PlyCB
B: PlyCB
C: PlyCB
D: PlyCB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,46612
ポリマ－63,9938
非ポリマー4734
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13210 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.968, 130.968, 130.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

-
要素

#1: タンパク質
PlyCB


分子量: 7999.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus phage C1 (ファージ)
遺伝子: orf9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Y3F3
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% MPD, 0.1 M Hepes, 0.2 M Sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-BM11.4
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2006年4月3日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2006年2月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Osmic MirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.41
21.54181
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 71861 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: S-SAD / 解像度: 1.4→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9516 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9533 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1974 3682 5.13 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1873 71843 --
原子変位パラメータBiso mean: 25.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.179 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 16 373 2253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011941HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.12623HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d680SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes48HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes295HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1927HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.12
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion271SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2669SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 245 4.71 %
Rwork0.2023 4958 -
all0.2034 5203 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87041.2362-0.02332.27240.20740.4155-0.04580.06340.0487-0.06990.04790.0691-0.01680.0072-0.0021-0.04230.01210.0004-0.03570.00340.042322.7174-13.047145.5995
22.24-1.2727-0.25670.9739-0.00310.41690.04830.0735-0.078-0.0707-0.05080.0558-0.0096-0.01890.0026-0.0389-0.0128-0.0037-0.0435-0.00020.042512.940322.545.4249
30.466-0.4503-0.44522.84570.23280.342-0.04650.0261-0.054-0.14070.03380.1124-0.01120.00460.0127-0.0454-0.0029-0.0128-0.0266-0.01090.034624.90436.804145.398
42.93810.4536-0.24450.4343-0.46830.39020.03410.1465-0.1058-0.0308-0.0432-0.058-0.006-0.0140.009-0.02910.00270.0112-0.0474-0.01430.0323-6.906224.931145.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 70

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る