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- PDB-4f7b: Structure of the lysosomal domain of limp-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f7b
タイトルStructure of the lysosomal domain of limp-2
要素Lysosome membrane protein 2
キーワードCELL ADHESION / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / scavenger receptor / lipid transport / endocytosis / atherosclerosis / lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / regulation of endosome organization / aminophospholipid transport / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of lysosome organization / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity / scavenger receptor activity ...regulation of glucosylceramide catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / regulation of endosome organization / aminophospholipid transport / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of lysosome organization / protein targeting to lysosome / phosphatidylcholine binding / cargo receptor activity / scavenger receptor activity / cholesterol binding / phosphatidylserine binding / receptor-mediated endocytosis / lysosomal lumen / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of neuron projection development / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / virus receptor activity / endosome membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysosome membrane protein II / CD36 family / CD36 family
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Lysosome membrane protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Neculai, D. / Ravichandran, M. / Seitova, A. / Neculai, M. / Pizzaro, J.C. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of LIMP-2 provides functional insights with implications for SR-BI and CD36.
著者: Neculai, D. / Schwake, M. / Ravichandran, M. / Zunke, F. / Collins, R.F. / Peters, J. / Neculai, M. / Plumb, J. / Loppnau, P. / Pizarro, J.C. / Seitova, A. / Trimble, W.S. / Saftig, P. / ...著者: Neculai, D. / Schwake, M. / Ravichandran, M. / Zunke, F. / Collins, R.F. / Peters, J. / Neculai, M. / Plumb, J. / Loppnau, P. / Pizarro, J.C. / Seitova, A. / Trimble, W.S. / Saftig, P. / Grinstein, S. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Structure summary
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32013年12月18日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysosome membrane protein 2
B: Lysosome membrane protein 2
C: Lysosome membrane protein 2
D: Lysosome membrane protein 2
E: Lysosome membrane protein 2
F: Lysosome membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,71456
ポリマ－291,6406
非ポリマー21,07450
水00
1
A: Lysosome membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,76911
ポリマ－48,6071
非ポリマー4,16310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysosome membrane protein 2
E: Lysosome membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,25617
ポリマ－97,2132
非ポリマー7,04315
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area34510 Å2
手法PISA
3
C: Lysosome membrane protein 2
D: Lysosome membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,73816
ポリマ－97,2132
非ポリマー5,52514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area34220 Å2
手法PISA
4
F: Lysosome membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,95012
ポリマ－48,6071
非ポリマー4,34311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.772, 115.984, 145.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A37 - 428
2010B37 - 428
1020A47 - 428
2020C47 - 428
1030A39 - 427
2030D39 - 427
1040A38 - 426
2040E38 - 426
1050A40 - 429
2050F40 - 429
1060B47 - 428
2060C47 - 428
1070B39 - 427
2070D39 - 427
1080B38 - 426
2080E38 - 426
1090B40 - 428
2090F40 - 428
10100C47 - 427
20100D47 - 427
10110C47 - 426
20110E47 - 426
10120C47 - 428
20120F47 - 428
10130D39 - 426
20130E39 - 426
10140D40 - 428
20140F40 - 428
10150E40 - 426
20150F40 - 426

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Lysosome membrane protein 2 / 85 kDa lysosomal membrane sialoglycoprotein / LGP85 / CD36 antigen-like 2 / Lysosome membrane ...85 kDa lysosomal membrane sialoglycoprotein / LGP85 / CD36 antigen-like 2 / Lysosome membrane protein II / LIMP II / Scavenger receptor class B member 2


分子量: 48606.609 Da / 分子数: 6 / 断片: Lysosome membrane protein 2 (unp reisdues 34-429) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD36L2, LIMPII, SCARB2 / 参照: UniProt: Q14108

-
糖 , 7種, 42分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 951.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#9: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 28% PEG 1500, 0.2M Sodium Chloride and Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→99.9 Å / Num. obs: 67235 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.39 / 冗長度: 4.98 % / Biso Wilson estimate: 41.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1046 / Net I/σ(I): 13.34
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 5.02 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→34.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8414 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / SU B: 62.315 / SU ML: 0.488 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 3401 5.06 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.1997 67174 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.5174 Å20 Å229.4009 Å2
2---12.1713 Å20 Å2
3---25.6887 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.448 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18425 0 1385 0 19810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0120405HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2427989HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7056SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes486HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2903HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20405HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3006 250 5.1 %
Rwork0.2653 4653 -
all0.2671 4903 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.57570.1293-1.29311.32560.35871.8121-0.3427-0.0441-0.43480.09750.1240.24840.30120.32390.2187-0.10980.2010.4262-0.20530.10510.3851-6.9674-20.1968-45.2696
25.3522-2.1626-1.54812.53820.7051.3710.03680.18540.1059-0.0751-0.0133-0.31530.0348-0.1434-0.0235-0.22280.04660.5003-0.2830.0260.46519.121-46.1524-7.3396
323.87563.3756-8.44382.1618-1.82174.3857-0.65350.5899-1.9846-0.10890.0776-0.3640.1697-0.22440.5759-0.8599-0.00620.5755-0.84620.050.158470.5065-104.298-71.949
42.0122-0.3363-0.67023.1157-0.44740.77290.24870.09490.70890.0397-0.0117-0.2804-0.19770.1071-0.2369-0.3073-0.0270.4508-0.00130.07870.406614.4019-88.2253-53.8675
52.37180.391-1.10212.9112-0.89411.105-0.29620.0318-0.5875-0.2601-0.0337-0.30910.25330.08550.3299-0.1531-0.05370.4188-0.2198-0.15690.2986-43.5828-62.174720.0266
63.25560.5052-1.09531.3172-0.3981.44230.2123-0.02160.6561-0.13290.0993-0.1812-0.24030.0516-0.3116-0.1180.08320.5866-0.398-0.02030.6538-38.5896-72.3979-32.4114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|37 - A|429 A|701 - A|722 }A37 - 429
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|37 - A|429 A|701 - A|722 }A701 - 722
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|36 - B|428 B|701 - B|716 }B36 - 428
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|36 - B|428 B|701 - B|716 }B701 - 716
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|48 - C|429 C|701 - C|712 }C48 - 429
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|48 - C|429 C|701 - C|712 }C701 - 712
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|39 - D|428 D|701 - D|716 }D39 - 428
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|39 - D|428 D|701 - D|716 }D701 - 716
9X-RAY DIFFRACTION5{ E|38 - E|427 E|701 - E|721 }E38 - 427
10X-RAY DIFFRACTION5{ E|38 - E|427 E|701 - E|721 }E701 - 721
11X-RAY DIFFRACTION6{ F|40 - F|429 F|701 - F|723 }F40 - 429
12X-RAY DIFFRACTION6{ F|40 - F|429 F|701 - F|723 }F701 - 723

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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