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- PDB-4f6c: Crystal structure of Aureusimine biosynthetic cluster reductase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6c
タイトルCrystal structure of Aureusimine biosynthetic cluster reductase domain
要素AusA reductase domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioester reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / acyltransferase activity / catalytic activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid metabolic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily ...Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative long chain fatty acid-CoA ligase VraA / Putative long chain fatty acid-CoA ligase VraA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.812 Å
データ登録者Mok, M. / Junop, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012
タイトル: Heterologous expression and structural characterisation of a pyrazinone natural product assembly line.
著者: Wyatt, M.A. / Mok, M.C. / Junop, M. / Magarvey, N.A.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AusA reductase domain protein
B: AusA reductase domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1002
ポリマ－99,1002
非ポリマー00
水724
1
A: AusA reductase domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5501
ポリマ－49,5501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AusA reductase domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5501
ポリマ－49,5501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.699, 106.446, 124.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AusA reductase domain protein


分子量: 49550.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99X42, UniProt: A0A0H3JX00*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月5日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.812→44.427 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 1935 5.78 %random
Rwork0.2057 ---
all0.2078 33500 --
obs0.2078 33500 95.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 76.381 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.0772 Å2-0 Å2-0 Å2
2---16.0196 Å2-0 Å2
3----13.7084 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.812→44.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5541 0 0 4 5545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1777696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5171944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.812-2.88220.43091190.3411985X-RAY DIFFRACTION85
2.8822-2.96010.31691350.29082137X-RAY DIFFRACTION93
2.9601-3.04720.29751400.26842149X-RAY DIFFRACTION93
3.0472-3.14560.29831390.24652180X-RAY DIFFRACTION95
3.1456-3.25790.25871350.23622199X-RAY DIFFRACTION95
3.2579-3.38830.31691380.232216X-RAY DIFFRACTION95
3.3883-3.54250.22891330.20532234X-RAY DIFFRACTION96
3.5425-3.72920.25181360.19332275X-RAY DIFFRACTION97
3.7292-3.96270.23561410.18512292X-RAY DIFFRACTION98
3.9627-4.26840.19961400.16572310X-RAY DIFFRACTION99
4.2684-4.69750.20751360.15872353X-RAY DIFFRACTION99
4.6975-5.37630.22481420.18432369X-RAY DIFFRACTION100
5.3763-6.76970.25381470.23122394X-RAY DIFFRACTION100
6.7697-44.43220.23091540.21342472X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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