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- PDB-4f6a: High-resolution x-ray Structure of the tetramutant of BH1408 prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6a
タイトルHigh-resolution x-ray Structure of the tetramutant of BH1408 protein from Bacillus halodurans, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target BhR182
要素BH1408 protein
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / BH1408
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / BH1408 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.009 Å
データ登録者Kuzin, A. / Neely, H. / Odukwe, N. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A. / Neely, H. / Odukwe, N. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BhR182
著者: Kuzin, A. / Neely, H. / Odukwe, N. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH1408 protein
B: BH1408 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3624
ポリマ－36,3622
非ポリマー02
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.842, 86.842, 163.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細dimer,39.71 kD,98.6%

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要素

#1: タンパク質 BH1408 protein


分子量: 18181.127 Da / 分子数: 2 / 変異: E12Y, F44R, D134E, A138R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH1408 / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q9KD11
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M KSCN, 0.1M TAPS, 20% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 46521 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 33.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_988精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4E0A

4e0a


解像度: 2.009→34.174 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 2350 5.05 %
Rwork0.1914 --
obs0.1928 46513 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.095 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0575 Å2-0 Å20 Å2
2--4.0575 Å20 Å2
3----8.115 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.009→34.174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2526 0 22 328 2876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0023496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.22988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0091-2.05010.27991050.23441934X-RAY DIFFRACTION73
2.0501-2.09470.20681150.19932465X-RAY DIFFRACTION92
2.0947-2.14340.21791300.18132458X-RAY DIFFRACTION93
2.1434-2.1970.20891400.19372511X-RAY DIFFRACTION94
2.197-2.25640.23071460.20632522X-RAY DIFFRACTION94
2.2564-2.32280.22981290.19672590X-RAY DIFFRACTION97
2.3228-2.39770.2161190.17592629X-RAY DIFFRACTION97
2.3977-2.48340.22141490.18552641X-RAY DIFFRACTION99
2.4834-2.58280.22951350.19252655X-RAY DIFFRACTION99
2.5828-2.70030.2371470.20092655X-RAY DIFFRACTION99
2.7003-2.84260.25461430.21622671X-RAY DIFFRACTION99
2.8426-3.02060.25561540.21712663X-RAY DIFFRACTION99
3.0206-3.25370.24821550.20872693X-RAY DIFFRACTION100
3.2537-3.58080.21931460.19922720X-RAY DIFFRACTION99
3.5808-4.09820.17851430.17812730X-RAY DIFFRACTION100
4.0982-5.16040.17191420.15052779X-RAY DIFFRACTION100
5.1604-34.17930.26031520.20982847X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.8475 Å / Origin y: 0.4672 Å / Origin z: 14.309 Å
111213212223313233
T0.2049 Å2-0.0068 Å20.0007 Å2-0.2793 Å20.0028 Å2--0.1707 Å2
L0.7477 °20.8063 °20.109 °2-2.3075 °20.168 °2--0.7225 °2
S0.0401 Å °-0.1319 Å °-0.0058 Å °0.0027 Å °-0.0759 Å °-0.0387 Å °0.0016 Å °0.0051 Å °0.0362 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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