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- PDB-4f67: Three dimensional structure of the double mutant of UPF0176 prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f67
タイトルThree dimensional structure of the double mutant of UPF0176 protein lpg2838 from Legionella pneumophila at the resolution 1.8A, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target LgR82
要素UPF0176 protein lpg2838
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / UPF0176 protein lpq2838
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / tRNA modification / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen
類似検索 - 分子機能
tRNA uridine(34) hydroxylase / tRNA uridine(34) hydroxylase, N-terminal / UPF0176 acylphosphatase like domain / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain ...tRNA uridine(34) hydroxylase / tRNA uridine(34) hydroxylase, N-terminal / UPF0176 acylphosphatase like domain / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA uridine(34) hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Kuzin, A. / Neely, H. / Street, L. / Odukwe, N. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Neely, H. / Street, L. / Odukwe, N. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Three dimensional structure of the double mutant of UPF0176 protein lpg2838 from Legionella pneumophila at the resolution 1.8A, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target LgR82
著者: Kuzin, A. / Neely, H. / Street, L. / Odukwe, N. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0176 protein lpg2838


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6421
ポリマ－31,6421
非ポリマー00
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.394, 77.005, 81.295
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,41.79 kD,99.6%

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要素

#1: タンパク質 UPF0176 protein lpg2838


分子量: 31641.717 Da / 分子数: 1 / 変異: E18R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2838 / 参照: UniProt: Q5ZRP2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:1.9M Na-malonate, 0.1M MgCl2, microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 44966 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 19.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 37.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_988精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→40.647 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.881 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1229 5.12 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 24001 97.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.79 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 107.91 Å2 / Biso mean: 26.868 Å2 / Biso min: 8.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.657 Å20 Å2-0 Å2
2--1.008 Å2-0 Å2
3----2.666 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→40.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2199 0 0 187 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2123057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.162857
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.791-1.8620.2731060.212052215880
1.862-1.9470.21290.1732500262998
1.947-2.050.2141440.15425352679100
2.05-2.1780.1741340.15425662700100
2.178-2.3460.1911230.15725782701100
2.346-2.5820.2321370.17425842721100
2.582-2.9560.2141400.17625962736100
2.956-3.7240.1771610.16426182779100
3.724-40.6580.2041550.17127432898100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.6353 Å / Origin y: -11.2559 Å / Origin z: -14.7544 Å
111213212223313233
T0.0926 Å2-0.0032 Å2-0.0121 Å2-0.1287 Å2-0.0025 Å2--0.1206 Å2
L0.8069 °20.2991 °2-0.3644 °2-1.3518 °2-0.2889 °2--1.5298 °2
S-0.021 Å °0.0886 Å °0.0463 Å °-0.1034 Å °0.0149 Å °-0.0503 Å °-0.0619 Å °0.0357 Å °-0.0046 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-8 - 255
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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