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万見
- PDB-4f61: Tubulin:Stathmin-like domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f61
タイトルTubulin:Stathmin-like domain complex
要素
  • Stathmin-like domain R4
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / GTPASE / MICROTUBULE / RB3 / STATHMIN TUBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / intracellular protein transport / synapse organization / neuron migration / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / memory / cerebral cortex development / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mitotic cell cycle / gene expression / neuron apoptotic process / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artificial gene (人工物)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.17 Å
データ登録者Gigant, B. / Mignot, I. / Knossow, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and characterization of modular scaffolds for tubulin assembly.
著者: Mignot, I. / Pecqueur, L. / Dorleans, A. / Karuppasamy, M. / Ravelli, R.B. / Dreier, B. / Pluckthun, A. / Knossow, M. / Gigant, B.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Tubulin alpha chain
F: Tubulin beta chain
G: Tubulin alpha chain
H: Tubulin beta chain
I: Stathmin-like domain R4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,49821
ポリマ－429,5369
非ポリマー3,96312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30490 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area130410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)639.740, 66.100, 128.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 9分子 ACEGBDFHI

#1: タンパク質
Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質
Tubulin beta chain


分子量: 49983.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 Stathmin-like domain R4


分子量: 28782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE BOVINE BRAIN TUBULIN SEQUENCE WAS USED FOR REFINEMENT BECAUSE THE SEQUENCE ...AUTHOR STATES THAT THE BOVINE BRAIN TUBULIN SEQUENCE WAS USED FOR REFINEMENT BECAUSE THE SEQUENCE OF OVINE BRAIN TUBULIN IS NOT AVAILABLE. FOR ALPHA-TUBULIN (CHAINS A,C,E,G) THEY USED THE ALPHA 1B ISOTYPE SEQUENCE (NCBI NP_001108328.1). FOR BETA-TUBULIN (CHAINS B,D,F,H), THEY USED THE BETA 2B ISOTYPE SEQUENCE (NCBI NP_001003900.1).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG, NACL, PIPES BUFFER, PH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.17→50 Å / Num. all: 40900 / Num. obs: 40336 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 125.69 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 4.17→4.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Rsym value: 0.876 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RYC

3ryc


解像度: 4.17→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8202 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 2024 5.02 %RANDOM
Rwork0.2411 ---
obs0.2421 40332 98.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 182.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-111.919 Å20 Å229.4641 Å2
2---12.7256 Å20 Å2
3----99.1934 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.417 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.17→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28885 0 244 0 29129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0129764HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.240385HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10319SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes804HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4421HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it29764HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.73
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3883SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact33430SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.17→4.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 140 5.28 %
Rwork0.2867 2512 -
all0.2881 2652 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.73311.04111.29911.5650.65741.4877-0.11721.0824-0.03670.05140.1528-0.25650.11-0.0375-0.03570.25080.10680.0146-0.109-0.3004-0.5878-135.0902-21.793711.582
26.61470.2799-0.49183.05860.03421.7226-0.04140.61770.60070.0873-0.09110.04140.18190.06010.13250.01750.17570.0186-0.0662-0.298-0.6074-99.35061.954416.3896
33.59191.3982.32050.95351.31080.1592-0.0058-0.88311.068-0.4497-0.60760.33240.0368-0.05070.6134-0.51190.2098-0.21540.608-0.29680.5941-60.299519.95724.4052
43.00171.38240.51070.07251.06360.03230.1219-0.40251.0746-0.3125-0.67670.27740.0022-0.17020.5547-0.43890.1887-0.26880.608-0.18540.5903-20.117829.334730.9367
52.4391-0.90912.180700.18420.1508-0.1548-0.35610.6874-0.3529-0.0756-0.13790.007-0.33770.2305-0.38280.2476-0.15410.6080.31280.598222.600631.448540.7461
61.8712-0.010.36191.18950.46540.39030.1112-0.04380.5105-0.0959-0.1599-0.2161-0.1471-0.64690.0487-0.36880.2315-0.11680.35440.31220.488263.267924.515147.7368
72.4722-1.12591.10211.707-0.36530.0747-0.25230.0390.46710.04870.343-0.2011-0.0524-0.398-0.0907-0.02410.19330.1035-0.13060.15320.1126103.65229.714257.0006
82.9487-0.75150.87955.10950.22423.5046-0.05680.24540.31330.08750.0741-0.6283-0.1208-0.3836-0.0173-0.1522-0.00760.2063-0.608-0.0227-0.3536138.8686-12.140463.2837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|438 A|600 - A|601 I|4 - I|64 }A1 - 438
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|438 A|600 - A|601 I|4 - I|64 }A600 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|438 A|600 - A|601 I|4 - I|64 }I4 - 64
4X-RAY DIFFRACTION2{ I|65 - I|89 B|1 - B|442 B|600 - B|600 }I65 - 89
5X-RAY DIFFRACTION2{ I|65 - I|89 B|1 - B|442 B|600 - B|600 }B1 - 442
6X-RAY DIFFRACTION2{ I|65 - I|89 B|1 - B|442 B|600 - B|600 }B600
7X-RAY DIFFRACTION3{ I|90 - I|115 C|1 - C|439 C|600 - C|601 }I90 - 115
8X-RAY DIFFRACTION3{ I|90 - I|115 C|1 - C|439 C|600 - C|601 }C1 - 439
9X-RAY DIFFRACTION3{ I|90 - I|115 C|1 - C|439 C|600 - C|601 }C600 - 601
10X-RAY DIFFRACTION4{ I|116 - I|140 D|1 - D|442 D|600 - D|600 }I116 - 140
11X-RAY DIFFRACTION4{ I|116 - I|140 D|1 - D|442 D|600 - D|600 }D1 - 442
12X-RAY DIFFRACTION4{ I|116 - I|140 D|1 - D|442 D|600 - D|600 }D600
13X-RAY DIFFRACTION5{ I|141 - I|164 E|1 - E|439 E|600 - E|601 }I141 - 164
14X-RAY DIFFRACTION5{ I|141 - I|164 E|1 - E|439 E|600 - E|601 }E1 - 439
15X-RAY DIFFRACTION5{ I|141 - I|164 E|1 - E|439 E|600 - E|601 }E600 - 601
16X-RAY DIFFRACTION6{ I|165 - I|191 F|1 - F|442 F|600 - F|600 }I165 - 191
17X-RAY DIFFRACTION6{ I|165 - I|191 F|1 - F|442 F|600 - F|600 }F1 - 442
18X-RAY DIFFRACTION6{ I|165 - I|191 F|1 - F|442 F|600 - F|600 }F600
19X-RAY DIFFRACTION7{ I|192 - I|217 G|1 - G|439 G|600 - G|601 }I192 - 217
20X-RAY DIFFRACTION7{ I|192 - I|217 G|1 - G|439 G|600 - G|601 }G1 - 439
21X-RAY DIFFRACTION7{ I|192 - I|217 G|1 - G|439 G|600 - G|601 }G600 - 601
22X-RAY DIFFRACTION8{ I|218 - I|243 H|1 - H|441 H|600 - H|600 }I218 - 243
23X-RAY DIFFRACTION8{ I|218 - I|243 H|1 - H|441 H|600 - H|600 }H1 - 441
24X-RAY DIFFRACTION8{ I|218 - I|243 H|1 - H|441 H|600 - H|600 }H600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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