PDB-4f5v: Crystal Structure of Leporine Serum Albumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f5v

タイトル

Crystal Structure of Leporine Serum Albumin

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Leporine Serum Albumin / helical structure

機能・相同性

機能・相同性情報

exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Bujacz, A. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of bovine, equine and leporine serum albumin.
著者: Bujacz, A.

履歴

登録	2012年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f5v.cif.gz	249.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f5v.ent.gz	204 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f5v_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f5v_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	4f5v_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	4f5v_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f5sSC 4f5tC 4f5uC 1ao6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lu7-2 4or0-2 1ao6-1 3523 3560 447 6ock-d 4la0-1 3lu8-1 4f5s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (9) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (9)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

66.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.202, 79.644, 104.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 66173.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-608, mature form of albumin / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: Thorbecke / 参照: UniProt: G1U9S2
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.94 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator Si-111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 27095 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 45.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique all: 1790 / % possible all: 63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F5S, 1AO6

4f5s

1ao6

解像度: 2.27→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 10.296 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25768	1379	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19297	-	-	-
all	0.19705	27095	-	-
obs	0.19621	25667	93.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.054 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4631	0	41	193	4865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.929	1.981	6507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.047	5	591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.435	24.798	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.193	15	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.819	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.858	1.5	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.489	2	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.65	3	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.933	4.5	1750

LS精密化シェル

解像度: 2.273→2.332 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	57	-
R_work	0.251	1182	-
obs	-	-	59.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3855	2.2406	-0.2882	3.6123	-1.9309	4.2892	0.0082	-0.2377	0.3198	0.1796	-0.0269	0.7938	-0.2558	-0.609	0.0188	0.1576	0.0024	0.014	0.2187	-0.063	0.2893	39.1751	19.5789	87.0369
2	6.0347	0.643	4.4308	1.1669	1.8015	4.9435	-0.2557	0.2394	0.5711	-0.158	0.2574	-0.3551	-0.4688	0.5252	-0.0017	0.2923	-0.0961	-0.0705	0.1627	0.0172	0.2813	57.6793	29.8781	83.5077
3	4.9659	0.2519	5.1662	2.1463	0.916	7.2273	-0.3454	0.5158	-0.0902	-0.004	0.4409	-0.7459	-0.5236	1.1953	-0.0955	0.134	-0.0626	-0.0097	0.3115	-0.0778	0.291	62.6095	22.411	76.7279
4	1.8994	-0.602	-0.2745	1.5619	0.5674	3.3439	0.0713	0.2439	-0.4441	-0.0616	0.0534	0.0981	0.1569	-0.0249	-0.1246	0.072	-0.0228	-0.0362	0.0639	-0.0436	0.1311	47.5673	8.2631	64.2013
5	3.7908	-1.0707	-0.1111	1.4042	-0.4173	2.6105	-0.0052	-0.0303	-0.3627	0.013	0.049	-0.23	0.4074	0.4879	-0.0437	0.1522	0.0178	-0.0558	0.1642	-0.0403	0.214	57.9741	3.4717	73.172
6	2.0391	-0.1566	0.6833	2.5823	-0.8293	2.522	0.2124	0.1933	-0.5175	-0.1497	0.0205	-0.0807	0.4391	0.3137	-0.2329	0.1752	0.0708	-0.0208	0.177	-0.1802	0.2811	48.6708	-1.7325	47.5763
7	2.4997	1.8593	3.908	2.8282	1.5065	7.7487	-0.1487	0.388	-0.0694	-0.2886	0.2776	0.0301	-0.2208	0.4281	-0.1289	0.1586	0.0134	0.0525	0.2663	-0.1353	0.1318	47.232	8.0382	44.1381
8	7.0918	9.7969	5.3008	13.7311	7.3498	3.987	-0.4184	0.6918	-0.3024	-0.6313	0.6679	-0.3833	-0.2635	0.4721	-0.2495	0.2569	0.006	0.0998	0.4637	-0.1244	0.1904	58.135	18.1903	42.5554
9	22.2783	-2.768	5.8817	5.2135	-0.8013	2.0638	-0.1587	-0.2133	-0.0262	0.0104	0.2703	-0.21	-0.2318	-0.0482	-0.1115	0.1056	0.0008	0.0599	0.015	-0.0105	0.0431	57.0492	38.0617	53.3948
10	4.365	-1.8974	-0.6076	5.1031	0.0221	3.6928	0.2449	-0.1002	-0.3175	-0.0021	0.0493	-0.267	0.0006	0.1918	-0.2942	0.0707	-0.0565	-0.0283	0.0649	-0.0146	0.0979	55.7723	27.5681	58.5282
11	3.9955	-1.6936	0.0457	5.8038	0.4295	2.7745	-0.0185	0.5205	0.0496	-0.5635	0.0355	0.3438	0.0183	-0.2572	-0.017	0.1099	-0.0031	-0.0305	0.1489	0.0349	0.0332	44.7907	30.5411	49.7829
12	8.6503	-1.644	6.1694	3.2683	-1.6186	13.0659	-0.6264	-1.0354	1.0063	0.8202	0.3099	-0.0849	-1.7001	-0.4887	0.3165	0.4475	0.0269	0.0834	0.198	-0.1077	0.2945	55.8666	49.3428	62.8014
13	2.8115	0.0819	1.6719	3.8761	4.0588	10.8374	-0.2556	-0.7789	0.7933	0.4444	-0.0439	-0.2782	-1.0504	-0.0875	0.2995	0.6693	-0.0436	0.0616	0.413	-0.0701	0.5402	61.3915	57.0109	60.3757

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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