PDB-4f5f: Structure of Aspartate Aminotransferase Conversion to Tyrosine Am...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f5f

タイトル

Structure of Aspartate Aminotransferase Conversion to Tyrosine Aminotransferase: Chimera P1.

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Addington, T.A. / Fisher, A.J. / Toney, M.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Janus: prediction and ranking of mutations required for functional interconversion of enzymes.
著者: Addington, T.A. / Mertz, R.W. / Siegel, J.B. / Thompson, J.M. / Fisher, A.J. / Filkov, V. / Fleischman, N.M. / Suen, A.A. / Zhang, C. / Toney, M.D.

履歴

登録	2012年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f5f.cif.gz	322.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f5f.ent.gz	273.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f5f_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f5f_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	4f5f_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	4f5f_validation.cif.gz	55.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/4f5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f5gC 4f5hC 4f5iC 4f5jC 4f5kC 4f5mC 4f5l C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aia-d 5vwr-1 1akb-1 1ivr-1 3r1r-1 1oxp-1 3dwg-d 4zm3-2 1map-1 1maq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

89.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.189, 103.685, 138.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44900.461 Da / 分子数: 2 変異: I39V, N40D, I43V, N74T, I78L, I81L, T114S, A120G, S145A, V146I, F220I, A228G, V385I 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: AAT, aspC, b0928, JW0911 / プラスミド: pET45b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A

分子量: 44900.461 Da / 分子数: 2
変異: I39V, N40D, I43V, N74T, I78L, I81L, T114S, A120G, S145A, V146I, F220I, A228G, V385I
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: AAT, aspC, b0928, JW0911 / プラスミド: pET45b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 8% PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 85 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→57.703 Å / Num. all: 42133 / Num. obs: 41556 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.91 % / B_iso Wilson estimate: 25.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.0869 / R_sym value: 0.0869 / Net I/σ(I): 12.83
反射シェル	解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 2.35 % / R_merge(I) obs: 0.3248 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique all: 4018 / R_sym value: 0.3248 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
PROTEUM PLUS	PLUS	データ削減
PROTEUM PLUS	PLUS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→57.703 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	2013	4.85 %
R_work	0.1743	-	-
obs	0.1761	41479	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.441 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.5539 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.5501 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.0037 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.59 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→57.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6202	0	0	697	6899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	8657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.769	2327
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	950
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1145

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.3063	0.2358	143	0.2012	2325	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3063-2.3686	0.2649	137	0.2067	2736	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3686-2.4384	0.2655	159	0.1968	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4384-2.5171	0.2393	139	0.1946	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5171-2.607	0.2485	148	0.192	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.7114	0.1965	149	0.1789	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7114-2.8348	0.2422	144	0.1688	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8348-2.9842	0.1887	128	0.1784	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9842-3.1712	0.2214	166	0.1745	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1712-3.416	0.2002	138	0.1702	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.416-3.7597	0.233	139	0.1672	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7597-4.3036	0.1646	146	0.1479	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3036-5.4215	0.1798	143	0.1464	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4215-57.722	0.218	134	0.1968	3059	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1565	0.1078	0.0723	0.1204	-0.0381	0.146	0.0966	0.1258	0.0618	0.0807	-0.037	-0.0359	-0.1977	-0.0551	0.0407	0.1809	0.0752	0.0114	0.1848	-0.0147	0.1304	27.2725	112.5032	33.7324
2	0.0171	-0.031	-0.0292	0.0383	0.0583	0.0595	0.0188	0.0044	-0.0019	0.0038	0.016	0.0656	0.1971	-0.0486	-0.0036	0.1097	-0.0461	-0.0113	0.1337	0.0084	0.1003	22.5253	85.9628	44.7281
3	0.0312	0.0445	0.0464	0.1892	0.1957	0.1998	0.0738	-0.0734	-0.057	0.0322	0.0954	-0.028	0.0502	-0.0261	0.0921	0.1481	0.0012	-0.0147	0.0786	0.0399	0.1492	41.8162	75.0289	45.6558
4	0.0464	-0.0313	0.0133	0.058	-0.0915	0.1093	0.0188	0.0503	0.0238	-0.0029	-0.0103	-0.0178	0.0824	0.0313	0.003	0.1176	-0.0026	0.0168	0.0996	-0.0009	0.1064	47.7888	90.4444	32.5601
5	0.0598	0.0524	-0.0354	0.0602	-0.0001	0.1886	0.0048	-0.0548	0.0165	-0.0183	-0.0261	-0.0007	0.1079	-0.0217	-0.0464	0.0904	-0.0048	-0.0172	0.0688	0.0062	0.0822	39.2071	86.6142	47.0327
6	0.1568	0.0208	0.0024	0.0341	0.0218	0.0121	-0.0308	0.1413	-0.0733	-0.0232	0.034	0.0084	0.071	-0.0578	-0.0767	0.1241	-0.114	-0.0707	0.1154	0.014	0.0956	25.3978	81.7161	24.2363
7	0.0439	-0.0609	-0.0157	0.1035	-0.0383	0.2188	0.0146	0.1588	0.096	-0.0644	0.1071	0.0385	0.0386	-0.16	0.1284	0.0773	-0.016	-0.0507	0.1854	0.1132	0.1192	28.3037	98.459	15.1125
8	0.0765	-0.0525	0.087	0.0072	-0.0498	0.1061	-0.0262	0.0497	0.0026	0.0729	-0.0077	-0.0548	0.0651	0.1164	0.0161	0.1562	0.0148	0.0184	0.1261	0.0145	0.1548	46.0331	83.7015	64.9271
9	0.032	0.0117	0.0132	0.0874	0.0453	0.0814	-0.0327	0.068	0.0176	-0.0883	0.0447	-0.0033	-0.0221	-0.1035	0.0001	0.0633	-0.0049	-0.0196	0.1195	0.0021	0.0924	22.9799	101.942	54.0105
10	0.0389	0.0513	0.0248	0.0743	0.0061	0.1379	-0.0012	-0.0152	0.0116	0.0363	-0.0113	-0.0038	-0.1423	-0.0308	-0.0322	0.1232	0.008	-0.0182	0.0799	-0.0048	0.1025	35.6717	113.1634	68.8224
11	0.022	-0.0165	0.0095	0.0232	-0.001	0.1321	-0.0325	-0.0503	-0.0079	-0.0314	0.0019	-0.0342	-0.1155	-0.1033	0.0047	0.1141	0.0048	-0.0182	0.0965	0.0004	0.1117	27.5648	106.5379	52.1725
12	0.0108	-0.0279	-0.0106	0.0874	0.0416	0.0216	-0.0047	-0.0307	0.0269	0.0771	0.0015	0.0839	0.0191	-0.1047	-0.0195	0.0535	0.0009	0.0207	0.1592	-0.0085	0.1191	17.9392	96.7326	75.8576
13	0.0129	-0.0098	-0.0227	0.0358	0.0384	0.0394	0.0001	-0.0293	0.0184	-0.0174	0.0697	-0.0808	0.0122	0.0129	0.0037	0.1023	0.0033	-0.0073	0.1092	0.0119	0.1151	34.3766	92.0586	84.2991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 8:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 42:81)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 82:104)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 105:244)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 245:310)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 311:341)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 342:406)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 7:41)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 42:127)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 128:244)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 245:310)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 311:341)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 342:406)

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