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- PDB-4f4l: Open Channel Conformation of a Voltage Gated Sodium Channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f4l
タイトルOpen Channel Conformation of a Voltage Gated Sodium Channel
要素Ion transport protein
キーワードMETAL TRANSPORT / alpha helical membrane protein / voltage-gated sodium channel / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者McCusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure of a bacterial voltage-gated sodium channel pore reveals mechanisms of opening and closing.
著者: McCusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A.
履歴
登録2012年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7584
ポリマ－49,7584
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.070, 74.080, 107.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 12439.515 Da / 分子数: 4 / 断片: pore region (S5-C-terminal domain) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetococcus marinus (バクテリア)
株: MC-1 / 遺伝子: A0L5S6, Mmc1_0798 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: A0L5S6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 30% PEG 400, 0.09 M tri-sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月23日 / 詳細: Si crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→95.1 Å / Num. all: 10528 / Num. obs: 8747 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 92.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 22.98
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
3.49-3.910.90.7173.2929610.75247.8
3.9-4.511.30.3776.7826090.39592.6
4.5-5.511.30.12217.5622130.12899.4
5.5-7.811.10.05138.1717760.05399.4
7.8-9510.30.02577.759870.02796.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RVY

3rvy


解像度: 3.49→43.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8951 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2852 431 4.93 %RANDOM
Rwork0.2707 ---
obs0.2713 8747 83.27 %-
原子変位パラメータBiso mean: 137.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1984 Å20 Å26.0199 Å2
2---10.5239 Å20 Å2
3---10.7224 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.576 Å1.187 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→43.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2717 0 0 42 2759
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d834SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes30HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes409HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2795HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion397SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3784SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2795HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3842HARMONIC21.22
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.36
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)Rfactor allNum. reflection all
3.49-3.90.336750.292134547.8
3.9-4.50.3091290.27230092.6
4.5-5.50.3331080.275210199.4
5.5-7.80.296760.28166399.4
7.8-43.60.212435.280.258134590796.40.29441420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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