PDB-4f43: Protelomerase TelA mutant R255A complexed with CAAG hairpin DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f43

タイトル

Protelomerase TelA mutant R255A complexed with CAAG hairpin DNA

要素

DNA hairpin
Protelomerase

キーワード

RECOMBINATION/DNA / RECOMBINATION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix Hairpins - #1780 / Telomere resolvase / Telomere resolvase ResT / Telomere resolvase ResT superfamily / Telomere resolvase ResT/TelK catalytic domain / hpI Integrase; Chain A / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.354 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Linear Chromosome-generating System of Agrobacterium tumefaciens C58: PROTELOMERASE GENERATES AND PROTECTS HAIRPIN ENDS.
著者: Huang, W.M. / Dagloria, J. / Fox, H. / Ruan, Q. / Tillou, J. / Shi, K. / Aihara, H. / Aron, J. / Casjens, S.

履歴

登録	2012年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4f43.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4f43_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	4f43_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	4f43_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f43	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: Protelomerase

C: DNA hairpin

45.9 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.123, 121.258, 58.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protelomerase 分子量: 36070.121 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 102-421 / 変異: R255A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58/ATCC 33970 / 遺伝子: telA, Atu2523 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CWV1
#2: DNA鎖	DNA hairpin 分子量: 9845.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5% (w/v) PEG 4000, 10mM Tris-HCl, 300mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 22687 / Num. obs: 22687 / % possible obs: 73.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / % possible all: 45.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.354→40.388 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2898	900	4.93 %	Random
R_work	0.2366	-	-	-
all	0.2394	18266	-	-
obs	0.2394	18266	57.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.735 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0482 Å²	0 Å²	7.3734 Å²
2-	-	-2.0557 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-19.5753 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.354→40.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2532	651	0	204	3387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.709	4772
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.189	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	496

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.354-2.5017	0.6123	38	0.3951	826	X-RAY DIFFRACTION	17
2.5017-2.6948	0.399	90	0.3311	1657	X-RAY DIFFRACTION	33
2.6948-2.9659	0.299	123	0.3215	2386	X-RAY DIFFRACTION	48
2.9659-3.3949	0.3424	158	0.2655	3239	X-RAY DIFFRACTION	64
3.3949-4.2765	0.2688	234	0.2098	4367	X-RAY DIFFRACTION	87
4.2765-40.388	0.2595	257	0.213	4891	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.182	-4.3367	-1.0471	5.7002	-0.164	1.5618	-0.1166	-0.0583	0.2005	0.0457	-0.0113	-0.3661	-0.0927	0.0114	0.0336	0.1942	0.0759	0.0753	0.1921	0.0077	0.7461	33.9722	-31.1707	0.7396
2	0.3496	-0.3971	0.0741	0.5261	-0.1479	0.1773	-0.1142	-0.0766	-0.0493	0.0976	-0.0123	-0.1367	0.0024	0.0361	-0.38	-0.1551	0.2985	-0.1357	-0.3142	0.2164	0.4739	21.2899	-33.5024	6.2763
3	0.4549	-1.1866	-0.2131	3.8521	0.504	0.3192	-0.1233	-0.1248	-0.1826	0.3719	0.1895	0.0691	0.0731	0.018	-0.0327	0.1014	0.0298	-0.0018	0.0447	0.0176	0.3003	4.8656	-14.2847	10.2045
4	0.0127	-0.0392	-0.0171	0.1479	0.0636	0.002	0.102	0.0092	0.2794	-0.0594	0.1415	-0.4024	-0.0331	0.1845	0.8211	-0.1866	-0.2175	0.0116	-0.844	0.0927	0.5273	20.2978	0.5977	-3.065
5	0.9398	-1.8592	-1.3086	4.1273	1.7337	3.4561	0.0895	-0.0371	0.1189	0.2531	-0.2253	0.5751	-0.5313	-0.3004	0.2183	0.5122	0.0534	-0.0911	0.2801	-0.2717	0.7687	2.1103	14.9979	8.1837
6	1.271	-1.7091	0.8939	8.0253	-6.297	6.327	0.1253	0.0416	0.3025	-0.8344	-0.4473	-2.2914	-0.5158	0.3155	0.3258	0.4332	0.0433	-0.1037	0.2122	-0.0567	0.8382	10.0392	-15.545	-5.0237
7	3.3477	0.008	-0.8665	0.1226	-0.1275	0.3527	0.0248	-0.2973	0.3558	0.0166	-0.28	0.31	-0.0433	-0.4178	0.2536	0.5047	-0.0869	-0.344	0.5387	-0.0703	1.2129	6.5804	-18.371	-5.7662
8	6.4829	-1.7778	-0.7146	0.5083	0.1039	0.4867	0.0339	-0.2726	-0.414	-0.0001	0.0191	0.1027	0.1163	-0.1584	-0.049	0.436	-0.0791	-0.1952	0.6806	0.1335	1.5375	2.8556	-21.7916	-2.9764
9	7.2894	1.3013	-0.0934	1.9259	0.5984	0.8354	0.1844	-0.1081	-0.6387	0.0447	-0.0779	0.1191	0.2858	-0.4227	-0.1516	0.4951	-0.156	-0.3965	0.946	0.1529	1.0623	6.0389	-24.1003	0.5917
10	6.7597	-0.586	1.6278	6.0726	1.862	3.4905	0.3491	-0.3078	-0.8833	0.0907	-0.1932	0.2707	0.423	-0.1463	-0.1873	0.3023	-0.075	-0.2565	0.3555	0.0043	0.8149	10.5844	-24.1128	1.7638
11	2.1598	0.009	0.3768	1.479	1.2884	1.1852	-0.0024	0.0027	0.0039	-0.0558	0.0369	-0.2754	-0.0208	0.0488	-0.0755	0.1994	-0.0842	-0.0598	0.2385	0.075	0.627	15.2377	-22.1419	0.4143
12	1.0577	-0.2205	-0.2428	0.5012	0.52	0.8428	0.0378	0.0968	-0.1449	0.0147	0.0848	-0.1603	0.077	0.1344	-0.1183	0.1897	0.046	-0.1662	0.2054	-0.1878	0.5181	18.5844	-18.2142	-0.3099
13	3.4458	1.9924	0.7913	1.8776	0.7233	2.2319	0.1381	-0.4101	0.3585	0.0318	-0.2511	0.3286	-0.0039	-0.1649	0.1169	0.2742	-0.093	-0.1971	0.2897	0.1258	0.7486	21.068	-14.2505	0.3892
14	2.6982	2.0515	1.7933	2.2746	1.3107	3.385	0.0932	-0.0145	-0.2719	0.0435	-0.0007	-0.1543	0.0903	0.0852	-0.0807	0.2011	-0.0288	-0.137	0.217	-0.0967	0.4665	22.2161	-10.5308	4.1861
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25	9.7565	-6.9747	2.3418	7.9794	-6.255	7.5728	-0.8463	-2.3315	2.7236	0.3856	-0.4531	0.1991	-1.3646	-0.2489	1.3291	0.9361	0.0699	-0.6717	1.6585	-0.1382	1.5828	42.526	-9.2908	26.8297
26	2	3.3733	-8.4395	1.2333	-1.9645	2	-1.276	-3.244	5.4329	0.2809	-0.5247	1.0293	-2.9855	0.6959	1.8157	0.9452	-0.042	-0.6496	1.2457	-0.2501	1.6088	41.9615	-8.6592	22.0593
27	2.7313	4.9543	-0.6799	8.9867	-1.2468	8.4842	-0.7999	-1.272	4.4598	-0.2812	-0.2615	1.0464	-1.6666	0.4374	1.0885	0.6573	-0.0665	-0.4966	0.7899	-0.0198	1.4592	40.8075	-9.7631	17.6791
28	9.1971	-5.6881	1.2407	4.581	1.4726	4.8866	-0.7387	1.0494	2.4704	0.4437	0.4156	-0.9894	-0.7975	1.1782	0.3369	0.6135	-0.0395	-0.4805	0.5938	-0.0096	1.0655	39.687	-12.8518	14.0151
29	5.9031	-6.6231	1.2312	8.6336	1.5012	7.1641	0.0955	1.2355	0.912	0.5864	0.1504	-1.6387	0.3197	1.6583	-0.2659	0.4191	0.0344	-0.3489	0.7202	-0.0279	0.9279	37.0873	-16.1816	11.8619
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32	8.1904	1.6881	0.9424	1.8912	-0.1849	3.3799	0.2655	-0.3791	-1.0746	0.0633	0.0119	-0.1885	0.3813	0.0072	-0.2901	0.3137	-0.0196	-0.2086	0.5031	-0.0149	1.1024	24.4556	-20.4373	15.2062
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36	8.0649	0.9817	3.3879	3.7339	-0.2633	4.0002	-0.1316	-0.2548	0.287	0.099	0.0858	-0.0435	-0.1328	-0.1297	0.0679	0.3255	0.1211	-0.258	0.2748	-0.1546	0.4905	12.9178	-11.0391	3.5858
37	0.1232	0.0533	-0.0489	0.0593	0.0169	0.0592	-0.0012	-0.0055	-0.0181	0.0003	0.0077	0.0186	0.0039	-0.0117	-0.0179	0.162	0.0083	-0.1494	0.3824	0.0073	0.2854	11.3474	-13.4271	-1.0873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 103:122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 124:195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 197:219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 220:409
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 410:421
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resid 15:15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and resid 16:16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and resid 17:17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 18:18
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain C and resid 19:19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain C and resid 20:20
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain C and resid 21:21
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain C and resid 22:22
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain C and resid 23:23
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain C and resid 24:24
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain C and resid 25:25
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain C and resid 26:26
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain C and resid 27:27
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain C and resid 28:28
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain C and resid 29:29
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain C and resid 30:30
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain C and resid 31:31
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain C and resid 32:32
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain C and resid 1:1
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain C and resid 2:2
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain C and resid 3:3
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain C and resid 4:4
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain C and resid 5:5
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain C and resid 6:6
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain C and resid 7:7
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain C and resid 8:8
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain C and resid 9:9
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain C and resid 10:10
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain C and resid 11:11
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain C and resid 12:12
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain C and resid 13:13
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain C and resid 14:14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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