PDB-4f3z: Crystal structure of a swine H1N2 influenza virus hemagglutinin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f3z

タイトル

Crystal structure of a swine H1N2 influenza virus hemagglutinin

要素

(Hemagglutinin) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / viral envelope protein / viral receptor binding and fusion protein / sialic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Xu, R. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Functional Balance of the Hemagglutinin and Neuraminidase Activities Accompanies the Emergence of the 2009 H1N1 Influenza Pandemic.
著者: Xu, R. / Zhu, X. / McBride, R. / Nycholat, C.M. / Yu, W. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2012年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月22日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4f3z.ent.gz	485.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4f3z_validation.pdf.gz	505.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f3z_full_validation.pdf.gz	551.2 KB	表示
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CIF形式データ	4f3z_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lzgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jul-1 3ube-1 4jul-2 3qqb-1 4xkd-d 4lxv-1 5t0b-d 5xrs-2 5t0e-d 1hgj-d 3ubj-1 6v47-d 2wr2-d 5thb-d 2ypg-d 4jum-1 5th0-d 6tvf-1 6twv-2 5t0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

ヘテロ分子

171 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.44, 94.92, 220.53
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 36626.230 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 (UNP residues 18-344) / 変異: G205C, R220C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Swine/Indiana/P12439/00(H1N2) / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q8QT89

#2: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 20459.686 Da / 分子数: 3 / 断片: HA2 (UNP residues 345-520) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Swine/Indiana/P12439/00(H1N2) / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q8QT89

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG1000, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月1日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→35 Å / Num. all: 33469 / Num. obs: 32867 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 43.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 5.3 % / R_sym value: 0.567 / % possible all: 85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LZG

3lzg

解像度: 3.2→34.275 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2933	1569	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2339	-	-	-
obs	0.237	30849	93.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 3.907 Å² / k_sol: 0.273 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2925 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.8981 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3944 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→34.275 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11530	0	14	0	11544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	12213
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	16023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.527	4321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1719
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.3032	0.4168	77	0.32	1327	X-RAY DIFFRACTION	48
3.3032-3.4212	0.3492	126	0.2885	2213	X-RAY DIFFRACTION	79
3.4212-3.558	0.3795	132	0.2954	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
3.558-3.7198	0.3056	144	0.2615	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7198-3.9156	0.325	163	0.2595	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9156-4.1605	0.28	157	0.2225	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1605-4.4811	0.2325	144	0.1992	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4811-4.9309	0.2654	139	0.1921	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9309-5.6417	0.281	147	0.2112	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6417-7.0975	0.3249	166	0.2322	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0975-34.2768	0.2417	174	0.2173	3010	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4652	-0.2778	-0.2573	0.511	0.7676	2.3817	0.1243	-0.0596	0.2223	-0.1989	0.081	-0.1557	-0.3767	-0.0472	0	0.3088	0.0083	-0.0056	0.3708	0.025	0.299	-20.0913	-3.1633	16.8541
2	3.3307	-0.087	1.2967	2.7205	0.1567	3.3837	-0.0078	-0.2917	0.6642	0.328	-0.3336	0.4152	-0.516	-0.237	-0	0.5356	0.0114	0.0959	0.5143	-0.1378	0.574	-27.8265	14.7979	50.1382
3	-0.2146	0.7483	1.0037	2.0773	1.3676	1.6887	-0.1293	0.0148	0.0666	-0.1965	-0.2555	0.6964	-0.103	-0.4518	-0	0.2287	0.0321	-0.0347	0.4186	-0.0649	0.448	-22.7437	-4.0252	18.2315
4	2.4539	0.141	0.5645	1.382	0.1713	1.2608	0.161	-0.1037	0.2317	-0.1176	-0.1813	0.2621	-0.4749	-0.2896	-0	0.4082	0.0465	-0.1191	0.3268	-0.0164	0.4443	-22.8943	-28.4545	-8.4646
5	0.2412	0.0008	0.1161	-2.3011	0.2983	2.4441	0.1785	0.1792	-0.1336	-1.357	-0.4213	-0.1468	-0.2385	0.2367	-0	0.0437	-0.2028	-0.2755	0.2801	-0.026	0.4907	-19.7926	-34.1764	-5.4241
6	0.1041	0.2952	0.0467	-0.2364	0.3452	1.776	0.1155	0.105	-0.0795	0.3051	0.1106	-0.1907	0.6177	0.128	-0	0.4347	0.0599	-0.0159	0.1922	-0.0476	0.4317	0.7124	-43.549	14.7877
7	1.223	-0.3721	-0.0966	1.5629	1.8764	-0.6843	-0.1554	-0.0581	-0.1234	0.1609	0.1496	-0.4365	-0.1403	0.4743	0	0.4301	-0.0719	0.0526	0.3381	-0.0265	0.3527	5.1229	-11.4472	47.8224
8	0.8365	0.4009	-0.3505	3.2237	1.6473	4.9106	0.0423	0.0745	0.1676	-0.1063	0.0581	-0.2191	-0.301	0.1022	-0	0.2204	0.0457	-0.0117	0.2809	-0.0201	0.2869	1.1659	3.6889	59.551
9	2.4476	-0.4408	0.0181	-0.8412	1.1494	2.5062	-0.187	0.138	0.4031	-0.4952	0.2306	-0.0531	-0.4578	0.4361	-0	0.3767	-0.1202	0.0212	0.3159	0.0457	0.2762	2.0316	-29.086	27.6624
10	2.9394	0.0706	-0.6159	1.8313	-2.6675	1.9315	-0.014	-0.0159	-0.032	0.412	0.1101	-0.2342	0.1557	0.3958	0	0.1607	-0.016	-0.1621	0.3243	-0.0619	0.3067	-0.3431	-43.2692	2.0947
11	1.0824	-0.2938	-1.0428	1.1905	0.9666	1.5349	-0.0274	0.3165	-0.2223	-0.0796	0.02	0.0091	0.2319	-0.1962	0	0.2928	0.0528	-0.0746	0.2816	0.0441	0.2659	-7.9838	-44.1694	0.8576
12	0.1209	0.4968	-0.2402	-0.4687	0.6081	1.5679	-0.0183	-0.0854	-0.199	0.439	-0.5547	0.591	0.5265	-1.1777	0	0.8756	-0.2106	0.0216	0.7206	-0.1547	0.5959	-34.4858	-31.3914	37.143
13	2.3637	0.1172	0.0179	5.7285	-0.6365	4.2807	-0.0567	-0.3397	-0.0484	0.7321	0.0357	0.4951	0.0034	-0.266	-0	0.7352	-0.1994	0.1823	0.6238	-0.0193	0.4532	-27.4013	-13.8226	69.077
14	-0.1044	-0.3087	-1.1107	1.5737	-0.1516	0.4206	-0.0003	-0.3262	-0.0018	0.7221	-0.5003	0.6998	0.7434	-0.7201	0	0.6213	-0.2777	0.1513	0.8369	-0.1795	0.4925	-33.9534	-35.458	30.0439
15	1.368	-0.6003	-0.88	1.414	-1.2073	0.8124	-0.3358	-0.0923	-0.4382	0.2504	0.0758	0.3407	0.6522	-0.6152	0	0.4756	-0.1954	0.072	0.5534	-0.0948	0.5857	-28.8532	-55.3156	4.0775
16	0.0234	0.0226	-0.0323	-0.0416	0.0715	-0.0357	0.0135	-0.4268	0.0168	0.2985	-0.05	0.9932	-0.2795	-0.4679	0	1.5735	-0.1333	0.0294	1.8368	-0.1261	1.2727	-21.0682	-32.9877	34.3816
17	0.0244	0.9373	0.7682	1.6113	0.2388	-0.5009	-0.09	0.146	-0.1105	-0.1921	-0.0359	0.3206	0.055	-0.1463	0	0.3059	-0.0304	-0.0579	0.3578	-0.079	0.4625	-23.5903	-35.7399	13.8637
18	0.1065	-0.029	0.254	-0.0339	-0.057	0.1905	-0.2037	0.5294	-0.5908	1.5607	-0.3978	0.5123	1.0247	-0.781	-0	1.0981	-0.1187	-0.0547	0.5086	-0.2208	0.9044	-24.0687	-69.7257	-11.6886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 10:113)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 114:247)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 248:324)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:67)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 68:171)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 9:55)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 56:119)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 120:260)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 261:325)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 1:66)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 67:174)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resseq 11:113)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resseq 114:265)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resseq 266:325)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resseq 1:57)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resseq 58:67)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resseq 68:134)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resseq 135:170)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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