PDB-4f3p: Crystal structure of a Glutamine-binding periplasmic protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f3p

タイトル

Crystal structure of a Glutamine-binding periplasmic protein from Burkholderia pseudomallei in complex with glutamine

要素

Glutamine-binding periplasmic protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SSGCID / Structural genomics / Burkholderia pseudomallei / glutamine / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Glutamine-binding periplasmic protein from Burkholderia pseudomallei in complex with glutamine
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Fairman, J.W. / Staker, B. / Myler, P. / Stewart, L.

履歴

登録	2012年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f3p.cif.gz	181.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f3p.ent.gz	142.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gggS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7bp6-d 3ps4-1 5a4x-1 6fxg-3 3nwg-d 2zf9-4 3qmq-2 5a51-2 4a6c-d 1v8s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BupsA.17285.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamine-binding periplasmic protein

B: Glutamine-binding periplasmic protein

54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine-binding periplasmic protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamine-binding periplasmic protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.330, 74.500, 60.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 244 / Label seq-ID: 24 - 242

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Glutamine-binding periplasmic protein 分子量: 27333.207 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 25-250 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A1487, glnH / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JIF9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Glutamine-binding periplasmic protein

分子量: 27333.207 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 25-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A1487, glnH / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JIF9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MD Morpheus screen C12: 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 12.5% MPD, 30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrgon phosphate, 30mM ammonium sulphate, 100mM bicine/trizma; BupsA.17285.b.A2 PW ...詳細: MD Morpheus screen C12: 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 12.5% MPD, 30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrgon phosphate, 30mM ammonium sulphate, 100mM bicine/trizma; BupsA.17285.b.A2 PW PS01148 20mg/ml, tray 232242c12, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MD Morpheus screen C12: 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 12.5% MPD, 30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrgon phosphate, 30mM ammonium sulphate, 100mM bicine/trizma; BupsA.17285.b.A2 PW ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日

放射

モノクロメーター: ASYMMETRIC CURVED CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19275 / Num. obs: 19249 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.414 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 14.36

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.46	3.8	0.524	2.6	5280	1394	99.6
2.46-2.53	3.8	0.443	3.12	5283	1389	100
2.53-2.6	3.8	0.394	3.52	5100	1343	99.7
2.6-2.68	3.8	0.317	4.3	4924	1296	99.9
2.68-2.77	3.8	0.277	5.01	4840	1273	100
2.77-2.87	3.8	0.234	5.9	4653	1225	99.7
2.87-2.98	3.8	0.176	7.66	4520	1185	99.9
2.98-3.1	3.8	0.131	9.9	4305	1133	100
3.1-3.24	3.8	0.106	12.46	4127	1088	99.4
3.24-3.39	3.8	0.081	15.91	3977	1048	99.9
3.39-3.58	3.8	0.068	18.3	3755	995	100
3.58-3.79	3.8	0.054	22.73	3547	940	99.8
3.79-4.06	3.8	0.049	25.15	3353	892	100
4.06-4.38	3.7	0.041	28.86	3073	822	99.8
4.38-4.8	3.7	0.035	32.93	2792	751	100
4.8-5.37	3.7	0.036	32.53	2596	706	99.7
5.37-6.2	3.6	0.043	26.04	2237	617	100
6.2-7.59	3.8	0.035	31.21	1940	512	99.4
7.59-10.73	3.8	0.022	42.11	1536	410	100
10.73-50	3.6	0.02	48.8	818	230	98.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	46.33 Å
Translation	2.5 Å	46.33 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ggg modified with CCP4 program chainsaw

1ggg

解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.1849 / WR_factor R_work: 0.1519 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.864 / SU B: 13.829 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.3878 / SU R_free: 0.2297 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2152	986	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1769	-	-	-
all	0.1789	19249	-	-
obs	0.1789	19235	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.14 Å² / B_iso mean: 30.518 Å² / B_iso min: 10.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0.5 Å²
2-	-	0.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3345	0	0	128	3473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.951	4662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	3	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.272	5	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.528	24.722	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.939	15	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.63	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	702

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7249 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.09 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	60	-
R_work	0.265	1283	-
all	-	1343	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9225	-0.8487	-0.0264	3.2034	0.0088	0.9554	-0.0473	-0.1074	-0.0295	0.0453	0.0564	0.0192	0.0006	0.1341	-0.0091	0.0879	0.0088	0.098	0.2261	-0.0038	0.1104	-8.823	-19.924	-24.021
2	2.8268	-0.2397	-0.3317	1.0914	-0.2067	1.3597	-0.0044	-0.0876	0.056	0.2473	0.0692	0.0484	-0.1274	-0.0077	-0.0649	0.177	0.0008	0.0822	0.1603	-0.0289	0.0478	-29.56	7.386	-4.928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 300
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 468
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	26 - 300
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 460

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)