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- PDB-4f3o: DNA Polymerase I Large Fragment Complex 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3o
タイトルDNA Polymerase I Large Fragment Complex 5
要素
  • DNA (5'-D(*C*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
  • DNA polymerase
キーワードTransferase/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / closed form / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Wang, W. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Structures of a High-fidelity DNA Polymerase
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis.
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
D: DNA polymerase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
C: DNA (5'-D(*C*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
F: DNA (5'-D(*C*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,44214
ポリマ－148,3636
非ポリマー1,0788
水24,5901365
1
A: DNA polymerase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
C: DNA (5'-D(*C*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5477
ポリマ－74,1823
非ポリマー3654
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area27400 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
F: DNA (5'-D(*C*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8957
ポリマ－74,1823
非ポリマー7134
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.830, 109.330, 150.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 287-878 / 変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: GK2730, polA / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')


分子量: 2650.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*C*AP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4040.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Template Strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 1373分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE. IT DIFFERS FROM UNP Q5KWC1 BY THIS SINGLE RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 49%-51% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→100 Å / Num. obs: 199455 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 27.766 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.57-1.660.4623.7517496232723199.9
1.66-1.780.2586.94194761340491100
1.78-1.920.15211.1913524624092180.9
1.92-2.10.13822.0125762923103183.9
2.1-2.350.08730.922820820541180
2.35-2.710.05842.41256138223241100
2.71-3.320.04152.35216316192001100
3.32-4.690.03362.515796014940199.9
4.69-1000.02769.29872738483199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1026精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2HVI WITH INSERTION SITE BASE PAIR, METAL IONS, AND PROTEIN RESIDUES 681-721 DELETED

2hvi


解像度: 1.57→79.565 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.15 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 19.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 8791 4.58 %Inherited free reflections from 2HVI plus 5% randomly generated reflections beyond 1.98 resolution
Rwork0.1792 ---
obs0.1803 191796 89.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.94 Å2 / Biso min: 6.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→79.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9185 850 58 1365 11458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35714282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2364040
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.57-1.58780.27843050.2585800610586
1.5878-1.60650.23883150.23795984629989
1.6065-1.62610.25893160.22655999631589
1.6261-1.64670.23923240.22236161648591
1.6467-1.66840.2493250.21716178650392
1.6684-1.69120.24243290.21076254658393
1.6912-1.71540.24543330.21126324665794
1.7154-1.7410.24463350.20696358669394
1.741-1.76820.21993380.20096423676195
1.7682-1.79720.21423370.18916417675495
1.7972-1.82820.22633420.18746482682496
1.8282-1.86140.22483400.1876464680496
1.8614-1.89720.21712730.18595187546083
1.936-1.97810.23192630.18345010527391
1.9781-2.02410.2132560.17796767702398
2.0241-2.07470.1752390.16916775701499
2.0747-2.13080.18822710.16886835710699
2.1308-2.19350.19622710.16886775704699
2.1935-2.26430.1911510.16732901305288
2.2643-2.34530.20162150.16775705592096
2.3453-2.43920.19262730.16926826709999
2.4392-2.55020.18482800.16816834711499
2.5502-2.68460.20532860.176668987184100
2.6846-2.85280.21953070.185168627169100
2.8528-3.07310.21983310.185868447175100
3.0731-3.38240.19773560.174568717227100
3.3824-3.87180.18663450.16469187263100
3.8718-4.8780.18063650.151369507315100
4.878-79.66730.19873700.20057203757399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78511.0143-0.26991.9075-0.20621.2684-0.21430.3901-0.3013-0.45390.123-0.13990.34510.12460.08680.45260.06890.13850.3371-0.0040.2698117.7938-57.386822.6268
20.7994-0.6727-0.06432.23740.0361.3643-0.0899-0.08440.03160.25450.00320.0823-0.12750.14020.0830.2123-0.06280.00320.16610.01220.1513111.4563-31.149246.5685
30.47120.1097-0.54911.6318-0.31242.61540.0353-0.27230.12190.1409-0.1548-0.5687-0.55410.86580.11860.3265-0.154-0.01040.63930.05070.381131.4998-28.006537.7497
41.6462-0.1180.44311.75050.54211.4760.04310.0418-0.1244-0.04950.0076-0.08530.13670.0869-0.04280.09250.0276-0.00810.0936-0.0170.0881138.3239-47.8477-9.4905
50.52160.2534-0.08391.3515-0.54351.1285-0.06050.18160.1108-0.32140.16120.1192-0.1867-0.0603-0.10340.23870.00150.00020.1547-0.00680.1378122.6348-20.4868-30.6283
60.9797-0.1105-0.0951.1190.57211.13990.05130.11080.1985-0.1036-0.04860.0738-0.17-0.0597-0.00240.0750.00910.00960.10190.0190.1242118.3793-18.2895-8.7147
76.043-0.40210.29962.2921-0.0564.6638-0.24250.1384-0.1296-0.71130.0410.3875-0.2805-0.22070.19110.4015-0.0722-0.09620.1453-0.02250.2437108.9703-28.200940.0404
84.07910.9771-1.30443.04430.57422.0999-0.09740.24870.6534-0.40040.05160.5122-0.3119-0.03260.03640.2621-0.0318-0.0610.2120.04650.2694110.6011-27.10137.1051
94.11481.5796-1.63852.2649-0.58235.5084-0.07970.32280.0118-0.17530.0763-0.4439-0.03460.3613-0.02690.16590.02220.02270.1525-0.00210.2326129.8098-18.4697-26.8714
101.1297-0.6122-0.75380.4869-0.11262.38990.17270.1870.216-0.48140.1192-0.4299-0.38540.2051-0.2310.2139-0.02520.09930.18250.0090.1763131.3157-17.4136-23.8788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 297:467)A297 - 467
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 468:630)A468 - 630
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 631:875)A631 - 875
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resseq 298:467)D298 - 467
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resseq 468:604)D468 - 604
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resseq 605:876)D605 - 876
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 21:29)B21 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 1:12)C1 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resseq 21:29)E21 - 101
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resseq 1:12)F1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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