PDB-4f3e: Crystal Structure of Thermus thermophilus HB8 CasA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f3e

タイトル

Crystal Structure of Thermus thermophilus HB8 CasA

要素

CasA

キーワード

IMMUNE SYSTEM / four helix bundle / cascade complex

機能・相同性

Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #100 / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / defense response to virus / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CRISPR-associated protein CasA/Cse1

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bailey, S. / Mulepati, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Largest Subunit of a Bacterial RNA-guided Immune Complex and Its Role in DNA Target Binding.
著者: Mulepati, S. / Orr, A. / Bailey, S.

履歴

登録	2012年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f3e.cif.gz	393.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f3e.ent.gz	325.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f3e_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f3e_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	4f3e_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	4f3e_validation.cif.gz	54.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ej3-2 4an8-1 5xmg-d 4ej3-1 4x7r-1 6vdj-d 5nkm-2 6ago-2 4lmr-d 5lfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CasA

B: CasA

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CasA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CasA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.888, 47.926, 129.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	chain A and (resseq 5:128 or resseq 143:404 or resseq 410:496 )	A	A	5 - 128	5 - 128
1	2	GLU	GLU	ASP	ASP	chain A and (resseq 5:128 or resseq 143:404 or resseq 410:496 )	A	A	143 - 404	143 - 404
1	3	SER	SER	LEU	LEU	chain A and (resseq 5:128 or resseq 143:404 or resseq 410:496 )	A	A	410 - 496	410 - 496
2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	chain B and (resseq 5:128 or resseq 143:404 or resseq 410:496 )	B	B	5 - 128	5 - 128
2	2	GLU	GLU	ASP	ASP	chain B and (resseq 5:128 or resseq 143:404 or resseq 410:496 )	B	B	143 - 404	143 - 404
2	3	SER	SER	LEU	LEU	chain B and (resseq 5:128 or resseq 143:404 or resseq 410:496 )	B	B	410 - 496	410 - 496

#1: タンパク質	CasA / protein TTHB188 分子量: 56273.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHB188 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53VY1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2.3 M sodium acetate, 0.1 M MOPS, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月1日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.984→128.058 Å / Num. all: 78866 / Num. obs: 57797 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 11.162
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.025 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.4→45.703 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	2261	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1948	-	-	-
all	0.1976	46944	-	-
obs	0.1976	44683	98.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.819 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1382 Å²	-0 Å²	0.9995 Å²
2-	-	-0.424 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.1407 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7514	0	0	321	7835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	10452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.354	2912
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1380

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3757	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	2	B	3757	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4522	0.3364	127	0.2612	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4522-2.5092	0.3561	150	0.2585	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5092-2.572	0.3007	138	0.2558	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.572-2.6415	0.3501	146	0.2504	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6415-2.7192	0.3229	142	0.2557	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7192-2.807	0.3384	134	0.2366	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.807-2.9073	0.2793	139	0.2136	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9073-3.0237	0.2677	123	0.2155	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0237-3.1612	0.298	143	0.2132	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1612-3.3279	0.3386	144	0.2147	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3279-3.5363	0.2447	148	0.2071	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5363-3.8092	0.2545	141	0.1805	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8092-4.1923	0.2504	143	0.17	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1923-4.7984	0.21	141	0.1551	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7984-6.0433	0.1916	145	0.1724	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0433-45.7111	0.2088	157	0.19	2653	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8022	0.0818	-1.1062	2.176	0.3497	3.7567	0.0764	0.0554	-0.137	-0.1628	-0.1537	0.4091	-0.0665	-0.3746	0.0603	0.1825	0.0289	-0.062	0.2532	-0.0109	0.3548	59.6015	24.0566	59.154
2	4.7554	-4.0919	0.5948	7.7064	-0.0231	3.0219	0.2886	0.2021	-0.0926	-0.6157	0.0008	-0.5572	0.26	0.1549	-0.2527	0.2999	-0.0355	0.0338	0.4099	-0.1304	0.3273	88.6825	4.4773	44.3981
3	4.2981	0.7117	-0.7262	2.6153	-0.6565	2.8077	0.1532	-0.2081	0.0012	0.4955	-0.1153	-0.0266	-0.4349	-0.0617	-0.0292	0.5739	0.0153	-0.019	0.334	0.0148	0.2048	39.9455	50.8727	25.2472
4	3.1298	1.5737	-0.7907	6.1861	-2.4424	3.7269	-0.1488	-0.3021	-0.0077	-0.0098	-0.0239	-0.658	-0.5699	0.1733	0.1692	0.5462	-0.1194	-0.0432	0.5916	-0.0544	0.3646	65.9879	70.4022	5.5459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:367)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 368:496)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 5:367)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 368:496)

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