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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f2y | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of 3'-Fluoro Cyclohexenyl Nucleic Acid Decamer | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Fluoro Cyclohexenyl Nucleic Acid / F-CeNA / Modified DNA / A-form DNA | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | データ登録者 | Pallan, P.S. / Egli, M. | 引用 | ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2012 | タイトル: Synthesis and Antisense Properties of Fluoro Cyclohexenyl Nucleic Acid (F-CeNA), a Nuclease Stable Mimic of 2'-Fluoro RNA. 著者: Seth, P.P. / Yu, J. / Jazayeri, A. / Pallan, P.S. / Allerson, C.R. / Ostergaard, M.E. / Liu, F. / Herdewijn, P. / Egli, M. / Swayze, E.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f2y.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f2y.ent.gz | 23.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f2y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4f2y_validation.pdf.gz | 383.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4f2y_full_validation.pdf.gz | 384.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4f2y_validation.xml.gz | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4f2y_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3073.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 40 mM sodium cacodylate, 20 mM cobalt hexamine, 40 mM lithium chloride, 20 mM magnesium chloride, 10% v/v MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→29.875 Å / Num. all: 6450 / Num. obs: 6416 / % possible obs: 99.45 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 59.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3EY2 解像度: 1.59→29.875 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.552 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 5 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.104 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→29.875 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.59→1.636 Å / Total num. of bins used: 20
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