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万見
- PDB-4f2x: Structure of 3'-Fluoro Cyclohexenyl Nucleic Acid Heptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2x
タイトルStructure of 3'-Fluoro Cyclohexenyl Nucleic Acid Heptamer
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*(XTF)P*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / Fluoro Cyclohexenyl Nucleic Acid / F-CeNA / Modified DNA / B-form DNA
機能・相同性COBALT (III) ION / COBALT HEXAMMINE(III) / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2012
タイトル: Synthesis and Antisense Properties of Fluoro Cyclohexenyl Nucleic Acid (F-CeNA), a Nuclease Stable Mimic of 2'-Fluoro RNA.
著者: Seth, P.P. / Yu, J. / Jazayeri, A. / Pallan, P.S. / Allerson, C.R. / Ostergaard, M.E. / Liu, F. / Herdewijn, P. / Egli, M. / Swayze, E.E.
履歴
登録2012年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTF)P*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTF)P*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,20812
ポリマ－8,5324
非ポリマー6768
水1,38777
1
A: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTF)P*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8248
ポリマ－4,2662
非ポリマー5586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area3290 Å2
手法PISA
2
C: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTF)P*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3844
ポリマ－4,2662
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area2900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.700, 33.862, 80.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*(XTF)P*GP*CP*G)-3'


分子量: 2182.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2083.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物
ChemComp-3CO / COBALT (III) ION / コバルト


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 40 mM sodium cacodylate, 20 mM cobalt hexamine, 20 mM magnesium chloride, 10% v/v MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月7日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→40.08 Å / Num. all: 10628 / Num. obs: 10592 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 38.6
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FL6

3fl6


解像度: 1.57→40.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.219 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 507 4.8 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.188 ---
obs-10085 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.96 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→40.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 551 20 77 648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00820.012627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.505973
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0270.02293
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.612 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 37 -
Rwork0.246 628 -
obs-507 97.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2943-0.6336-0.36721.06141.53363.0420.15480.1675-0.0846-0.0233-0.11170.05320.1373-0.2849-0.04310.0918-0.0054-0.00990.0980.00410.0806-6.5016-14.9637-12.1855
21.5734-0.3711.40240.1474-0.62144.6232-0.07730.05680.03440.03760.05680.0156-0.36510.21980.02040.1426-0.0292-0.00010.15680.01130.11033.8081-0.0155-8.1768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 7
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 7
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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