+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f0w | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of type effector Tse1 C30A mutant from Pseudomonas aeruginousa | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NlpC/P60 domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of type VI effector Tse1 from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Su, X.D. / Dong, Y.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f0w.cif.gz | 81.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4f0w.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f0w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4f0w_validation.pdf.gz | 449 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4f0w_full_validation.pdf.gz | 449 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4f0w_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4f0w_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20164.676 Da / 分子数: 1 / 変異: C30A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2Q1 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Sodium malonate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月7日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→50 Å / Num. all: 48208 / Num. obs: 48208 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 27.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 2300 / % possible all: 92.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: native paTse1 structure 解像度: 1.24→29.887 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.83 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.804 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→29.887 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.2085 Å / Origin y: 18.7054 Å / Origin z: 13.3183 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |