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万見
- PDB-4f0v: Crystal structure of type effector Tse1 from Pseudomonas aeruginousa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f0v
タイトルCrystal structure of type effector Tse1 from Pseudomonas aeruginousa
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / NlpC/P60 domain / type VI amidase effector
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Peptidoglycan amidase Tse1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of type VI effector Tse1 from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Su, X.D. / Dong, Y.H.
履歴
登録2012年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3152
ポリマ－20,1971
非ポリマー1181
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.265, 61.723, 74.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / type effector Tse1


分子量: 20196.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Succinic acid pH 7.0, 15% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月5日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 23887 / Num. obs: 23887 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 67.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique all: 1164 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.autosol: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→32.522 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1721 1220 5.12 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
all0.1566 23887 --
obs0.1566 23809 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.238 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1767 Å20 Å20 Å2
2---3.7214 Å2-0 Å2
3----2.4552 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1134 0 8 196 1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9571583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.622420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003207
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.6001-1.66420.23791180.18132488
1.6642-1.73990.17361250.16342465
1.7399-1.83160.17791670.15162422
1.8316-1.94640.18031220.14992497
1.9464-2.09660.16061460.1482481
2.0966-2.30750.1821490.15082483
2.3075-2.64130.17591230.15782520
2.6413-3.32730.19981390.15722562
3.3273-32.5290.14521310.15582671
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.1357 Å / Origin y: -18.4117 Å / Origin z: 13.5131 Å
111213212223313233
T0.0729 Å2-0.0077 Å2-0.0019 Å2-0.0774 Å20.0002 Å2--0.0777 Å2
L0.4333 °20.0608 °2-0.034 °2-0.4698 °20.1964 °2--0.6018 °2
S0.0173 Å °-0.0386 Å °0.0117 Å °0.0136 Å °-0.0002 Å °0.0274 Å °-0.006 Å °0.0225 Å °0.0059 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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