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万見
- PDB-4f07: Structure of the Styrene Monooxygenase Flavin Reductase (SMOB) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f07
タイトルStructure of the Styrene Monooxygenase Flavin Reductase (SMOB) from Pseudomonas putida S12
要素Styrene monooxygenase component 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADH-dependentFlavin Reductase / SMOA
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin reductase (NADPH) activity / monooxygenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NITRATE ION / Styrene monooxygenase component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sazinsky, M.H. / Morrison, E. / Kantz, A. / Gassner, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure and Mechanism of Styrene Monooxygenase Reductase: New Insight into the FAD-Transfer Reaction.
著者: Morrison, E. / Kantz, A. / Gassner, G.T. / Sazinsky, M.H.
履歴
登録2012年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Styrene monooxygenase component 2
B: Styrene monooxygenase component 2
C: Styrene monooxygenase component 2
D: Styrene monooxygenase component 2
E: Styrene monooxygenase component 2
F: Styrene monooxygenase component 2
G: Styrene monooxygenase component 2
H: Styrene monooxygenase component 2
I: Styrene monooxygenase component 2
J: Styrene monooxygenase component 2
K: Styrene monooxygenase component 2
L: Styrene monooxygenase component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,06239
ポリマ－246,60312
非ポリマー10,45927
水10,395577
1
A: Styrene monooxygenase component 2
D: Styrene monooxygenase component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0509
ポリマ－41,1012
非ポリマー1,9497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
2
B: Styrene monooxygenase component 2
C: Styrene monooxygenase component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7966
ポリマ－41,1012
非ポリマー1,6954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
3
E: Styrene monooxygenase component 2
F: Styrene monooxygenase component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7345
ポリマ－41,1012
非ポリマー1,6333
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
4
G: Styrene monooxygenase component 2
H: Styrene monooxygenase component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7966
ポリマ－41,1012
非ポリマー1,6954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
5
I: Styrene monooxygenase component 2
J: Styrene monooxygenase component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9548
ポリマ－41,1012
非ポリマー1,8536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
6
K: Styrene monooxygenase component 2
L: Styrene monooxygenase component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7345
ポリマ－41,1012
非ポリマー1,6333
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.031, 130.031, 95.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Styrene monooxygenase component 2


分子量: 20550.254 Da / 分子数: 12 / 変異: A151T, S164G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 株: Y2 / 遺伝子: styB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33495
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 8.5, 1.7-1.9 M (NH4)2SO4, 200-300 mM NH4NO3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月29日
放射モノクロメーター: APS double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.884
11-h,-k,l20.116
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. all: 88220 / Num. obs: 87338 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.0105 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.068 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1rz0

1rz0


解像度: 2.3→48.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 7.331 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3913 4.9 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.188 76075 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13834 0 698 577 15109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02215040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9622.00920573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.88351835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49123.428566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.94152152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.441572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.22325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2291.59269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.123214871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.28735771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8024.55700
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 315 -
Rwork0.158 5456 -
obs--97.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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