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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4ezd
タイトル
Crystal Structure of the UT-B Urea Transporter from Bos Taurus Bound to Selenourea
要素
Urea transporter 1
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / channel / urea transport / slc14 / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報
Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea channel activity / urea transmembrane transport / urea transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / establishment of localization in cell / basolateral plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG 400, 50 mM sodium sulfate, 50 mM lithium sulfate, 0.2 mM DDAO, 100 mM Tris pH 8.0-8.5, 20 mM selenourea, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 56923 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
2.5-2.54
6.7
0.921
2788
0.94
1
100
2.54-2.59
6.8
0.87
2884
0.943
1
100
2.59-2.64
6.9
0.854
2806
1.016
1
100
2.64-2.69
7
0.726
2816
0.964
1
100
2.69-2.75
7.1
0.63
2855
0.98
1
100
2.75-2.82
7.1
0.538
2838
1.021
1
100
2.82-2.89
7.1
0.463
2862
1.081
1
100
2.89-2.96
7.2
0.438
2827
1.062
1
100
2.96-3.05
7.2
0.406
2811
1.026
1
100
3.05-3.15
7.2
0.345
2850
1.123
1
100
3.15-3.26
7.1
0.283
2866
1.065
1
100
3.26-3.39
7.1
0.229
2822
1.061
1
100
3.39-3.55
7.1
0.181
2843
1.072
1
100
3.55-3.73
7.1
0.158
2851
0.966
1
100
3.73-3.97
7.1
0.132
2863
0.996
1
100
3.97-4.27
7.1
0.118
2830
0.997
1
100
4.27-4.7
7
0.103
2877
1.005
1
100
4.7-5.38
6.8
0.092
2860
1.031
1
100
5.38-6.78
6.9
0.092
2879
1.114
1
100
6.78-50
7
0.102
2895
1.018
1
98.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
HKL-2000
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
MOLREP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→47.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.2311 / WRfactor Rwork: 0.2008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.62 / FOM work R set: 0.8609 / SU B: 14.915 / SU ML: 0.167 / SU R Cruickshank DPI: 0.3263 / SU Rfree: 0.2304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2285
2828
5 %
RANDOM
Rwork
0.1973
-
-
-
obs
0.1988
56835
99.78 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK