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- PDB-4ez5: CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ez5
タイトルCDK6 (monomeric) in complex with inhibitor
要素Cyclin-dependent kinase 6
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein Kinase / ATP Binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation ...cyclin D2-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / gliogenesis / regulation of cell motility / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell cycle / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Notch signaling pathway / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / : / response to virus / regulation of erythrocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 6 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Cyclin-dependent kinase 6 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0RS / Cyclin-dependent kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chopra, R. / Xu, M.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2012
タイトル: Fragment-Based Discovery of 7-Azabenzimidazoles as Potent, Highly Selective, and Orally Active CDK4/6 Inhibitors.
著者: Cho, Y.S. / Angove, H. / Brain, C. / Chen, C.H. / Cheng, H. / Cheng, R. / Chopra, R. / Chung, K. / Congreve, M. / Dagostin, C. / Davis, D.J. / Feltell, R. / Giraldes, J. / Hiscock, S.D. / ...著者: Cho, Y.S. / Angove, H. / Brain, C. / Chen, C.H. / Cheng, H. / Cheng, R. / Chopra, R. / Chung, K. / Congreve, M. / Dagostin, C. / Davis, D.J. / Feltell, R. / Giraldes, J. / Hiscock, S.D. / Kim, S. / Kovats, S. / Lagu, B. / Lewry, K. / Loo, A. / Lu, Y. / Luzzio, M. / Maniara, W. / McMenamin, R. / Mortenson, P.N. / Benning, R. / O'Reilly, M. / Rees, D.C. / Shen, J. / Smith, T. / Wang, Y. / Williams, G. / Woolford, A.J. / Wrona, W. / Xu, M. / Yang, F. / Howard, S.
履歴
登録2012年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4972
ポリマ－35,0191
非ポリマー4781
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.478, 102.478, 59.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 6 / Cell division protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase PLSTIRE


分子量: 35019.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK6, CDKN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00534, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-0RS / {5-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl}[2-(isoquinolin-4-yl)pyridin-4-yl]methanone


分子量: 477.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27N7O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6.0, 12% PEG-3350, 0.1M NH4NO3, EVAPORATION, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionLimit h max: 37 / Limit h min: 0 / Limit k max: 37 / Limit k min: -26 / Limit l max: 22 / Limit l min: 0 / 数: 8618 / D res high: 2.7 Å / D res low: 19.625 Å / Num. obs: 8618
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 8618 / Num. obs: 8618 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.46 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.8
Reflection scaleGroup code: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.3Lデータスケーリング
d*TREKデータ削減
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NUP

3nup


解像度: 2.7→19.625 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7125 / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 408 4.74 %RANDOM
Rwork0.2162 ---
obs0.2196 8616 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.075 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 156.46 Å2 / Biso mean: 93.8221 Å2 / Biso min: 61.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1464 Å20 Å2-0 Å2
2--10.1464 Å2-0 Å2
3----20.2929 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2062 0 36 0 2098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9482909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.314790
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7005-3.090.4081330.33626982831
3.09-3.8880.33671460.218627182864
3.888-19.62590.25291290.199727922921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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